a 2005

Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu.

MATĚJKOVÁ, Petra and David ŠMAJS

Basic information

Original name

Komparativní genomika Treponema pallidum technikou genomové hybridizace na oligonukleotidovém čipu.

Name (in English)

Comparative genomics of T. pallidum strains Nichols and SS14 on the oligonucleotide array

Authors

MATĚJKOVÁ, Petra (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor)

Edition

Abstrakta 49. Studentské vědecké konference, 2005

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Field of Study

Genetics and molecular biology

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

RIV identification code

RIV/00216224:14110/05:00013195

Organization unit

Faculty of Medicine

Keywords in English

Treponema pallidum ssp. pallidum; Nichols; SS14

Tags

Změněno: 8/4/2010 16:16, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Abstract

ORIG EN

V originále

Cíl: Cílem práce bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a porovnat získanou kompletní genomovou sekvenci se sekvencí T. pallidum subsp. pallidum Nichols. Oba porovnávané kmeny způsobují pohlavně přenosné onemocnění syfilis. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.

In English

The genome of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14, the causative agent of syphilis, was sequenced using oligonucleotide arrays. The sequences of more than 49 kb of the SS14 genome were verified by capillary sequencing approach. When compared to T. pallidum ssp. pallidum strain Nichols, the genome of SS14 contained 329 single nucleotide changes (219 transitions and 104 transversions), 7 deletions and 4 insertions.

Links

GA310/04/0021, research and development project
Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete
MSM0021622415, plan (intention)
Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations
NI7351, research and development project
Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Investor: Ministry of Health of the CR