2005
Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
MATĚJKOVÁ, Petra a David ŠMAJSZákladní údaje
Originální název
Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu
Název anglicky
Genome hybridizations of T. pallidum strains Nichols and SS14 on the oligonucleotide array
Autoři
MATĚJKOVÁ, Petra (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
Vydání
Sborník abstraktů XIV. Tomáškových dnů 2005, 2005
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14110/05:00013198
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidum ssp. pallidum; Nichols; SS14
Štítky
Změněno: 8. 4. 2010 16:15, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Malá velikost genomu (1,14 Mb) tohoto patogenu koreluje s jeho obligátní závislostí na hostiteli. Jednotlivé kmeny a izoláty nelze od sebe běžně užívanými serologickými testy odlišit. Jisté typizace bylo dosaženo na úrovni detekce DNA, zejména sekvencí tpr genů. Naším cílem bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a získanou kompletní genomovou sekvenci srovnat s genomovou sekvencí kmene Nichols a použít výsledky pro definování vnitrodruhové variability genomu T. pallidum subsp. pallidum.Výsledné sekvence ukázaly shluky SNP a krátké delece a inzerce. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.
Anglicky
The genome of Treponema pallidum ssp. pallidum strain SS14, the causative agent of syphilis, was sequenced using oligonucleotide arrays. The sequences of more than 49 kb of the SS14 genome were verified by capillary sequencing approach. When compared to T. pallidum ssp. pallidum strain Nichols, the genome of SS14 contained 329 single nucleotide changes (219 transitions and 104 transversions), 7 deletions and 4 insertions.
Návaznosti
GA310/04/0021, projekt VaV |
| ||
MSM0021622415, záměr |
| ||
NI7351, projekt VaV |
|