Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.

STROUHAL, Michal and David ŠMAJS. Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema. (restriction mapping of the treponemal genomes). In Chemické listy. ČR: ČCHS, 2005, p. 386-387. ISSN 0009-2770.

Basic information

• Original name: Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema.
• Name (in English): restriction mapping of the treponemal genomes
• Authors: STROUHAL, Michal (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: ČR, Chemické listy, p. 386-387, 2 pp. 2005.
• Publisher: ČCHS

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Impact factor: Impact factor: 0.445
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/05:00013202
• Organization unit: Faculty of Medicine
• ISSN: 0009-2770
• Keywords in English: Treponema pallidum ssp. pallidum; Treponema pallidum ssp. pertenue; Treponema paraluiscuniculi
• Tags: Treponema pallidum ssp. pallidum, Treponema pallidum ssp. pertenue, Treponema paraluiscuniculi

Abstract

V této práci jsme se soustředili na kompletní restrikční mapování genomů pěti příbuzných treponemálních kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D, T. pallidum subsp. pertenue Gauthier a T. paraluiscuniculi. Genom T. pallidum subsp. pallidum Nichols byl rozdělen do 87 překrývajících se oblastí (TPI intervaly). Každý z těchto intervalů byl amplifikován u všech studovaných kmenů pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I, Hind III nebo jejich kombinacemi. Takto získaný restrikční profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Ukazuje to na možnost, že rozdílná virulence treponemálních kmenů je podmíněna relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Identifikované nukleotidové záměny lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů.

Abstract (in English)

Restriction mapping was used for comparison of four treponemal genomes including strains T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14, T. pallidum subsp. pertenue Samoan D and T. paraluiscuniculi. The genomes of analysed strains were divided into 94 intervals (TPI intervals) covering the whole genome and each of these segments was amplified by XL PCR. These PCR products were digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III and the resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA. The results indicate a high sequence homology among treponemal strains. Different degrees of virulence of treponemal strains thus appear to depend on relatively small differences in their genomes. The genome differences are preferentially localized in tpr genes. Identified nucleotide changes can be used for molecular identification of individual treponemal strains or isolates.

Links

• GA310/04/0021, research and development project: Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NI7351, research and development project: Name: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministry of Health of the CR