J 2006

Comparative transcriptome maps: a new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients using cDNA microarrays

JANSOVÁ, Eva, Irena KOUTNÁ, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Silvie KŘIVÁNKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Comparative transcriptome maps: a new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients using cDNA microarrays

Název česky

Srovnávací transkripční mapy: nový přístup v diagnostice pacientů s kolorektálním karcinomem pomocí cDNA microarrays

Autoři

JANSOVÁ, Eva (203 Česká republika, garant), Irena KOUTNÁ (203 Česká republika), Petr KRONTORÁD (203 Česká republika), Zbyněk SVOBODA (203 Česká republika), Silvie KŘIVÁNKOVÁ (203 Česká republika), Jan ŽALOUDÍK (203 Česká republika), Michal KOZUBEK (203 Česká republika) a Stanislav KOZUBEK (203 Česká republika)

Vydání

Clinical Genetics, Denmark, Blackwell Munksgaard, 2006, 0009-9163

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Dánsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 3.140

Kód RIV

RIV/00216224:14330/06:00015299

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

UT WoS

000235840300006

Klíčová slova anglicky

colorectal carcinoma; cDNA microarrays; transcriptome map; functional clustering; expression profiles

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 7. 5. 2010 09:05, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

The progression of colorectal cancer involves accumulation of various genetic and epigenetic events that dramatically change gene expression. The aim of this study was to investigate a possible new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients, based on their gene expression profiles. Human 19K cDNA microarrays were used to analyze the gene expression profiles of 18 colorectal carcinoma patients. Transcriptome maps (TM) were analyzed to detect chromosomal regions that could serve as potential diagnostic markers for colon cancer. A comparison of TMs showed chromosome regions with conserved changes of gene expression typical of colorectal cancer in general, and also patient-specific variable regions. We identified 195 genes with significantly altered expression in colon cancer. Functional analysis of the regulated genes distinguished three main categories: biological processes, cellular components, and molecular functions. We found that different patients had chromosome regions characterized by very similar changes of gene expression, probably linked to the most fundamental events in carcinogenesis. On the other hand, variable chromosome regions can be patient-specific. The variable regions may provide further information on the individual pathogenesis and prognosis of the patient. Comparison of TMs is proposed as a tool to facilitate diagnosis and treatment planning for individual patients.

Česky

Tento článek se zabývá využitím srovnávacích transkripčních mapjako nového přístupu v diagnostice pacientů s kolorektálním karcinomem s využitím cDNA microarrays.

Návaznosti

GA202/04/0907, projekt VaV
Název: Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
Investor: Grantová agentura ČR, Cytometrie s vysokým rozlišením na živých buňkách
IAA5004306, projekt VaV
Název: Struktura lidského genomu
Investor: Akademie věd ČR, Struktura lidského genomu
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
1A8241, projekt VaV
Název: Nové možnosti diagnostiky leukémií s využitím technologie DNA-mikročipů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Nové možnosti diagnostiky leukémie s využitím technologie DNA-mikročipů