2006
Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry
BOUCHAL, Pavel, Zbyněk ZDRÁHAL, Šárka HELÁNOVÁ, Oldřich JANICZEK, Kevin B. HALLBERG et. al.Základní údaje
Originální název
Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry
Název česky
Proteomová a bioinformatická analýza bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans rostlé na železe a síře pomocí mobilizovaných pH gradientů a hmotnostní spektrometrie
Autoři
BOUCHAL, Pavel (203 Česká republika, garant), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika), Šárka HELÁNOVÁ (203 Česká republika), Oldřich JANICZEK (203 Česká republika), Kevin B. HALLBERG (826 Velká Británie a Severní Irsko) a Martin MANDL (203 Česká republika)
Vydání
Proteomics, Weinheim, Wiley-VCH, 2006, 1615-9853
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Německo
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 5.735
Kód RIV
RIV/00216224:14310/06:00015727
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000239867600008
Klíčová slova anglicky
Acidithiobacilus ferrooxidans; Iron oxidation; Protein reduction; Proteome; Sulfur oxidation
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 15. 2. 2007 13:06, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
A comparative analysis of the protein composition of Acidithiobacillus ferrooxidans cells grown on elemental sulfur and ferrous iron was performed. A newly developed protocol involving immobilized pH gradients, improved protein reduction, mass spectrometry protein identification and full genome sequence information was applied. This approach resulted in more than 1300 protein spots displayed in broad and basic pH ranges, the best At. ferrooxidans proteome resolution to date. A comparative image analysis revealed that the proteome was significantly influenced by the growth type, and allowed for the detection of many physiologically important proteins. Among them were sulfate adenylyltransferase and sulfide dehydrogenase, which are involved in sulfate assimilation and sulfide metabolism, respectively. Many other proteins were related to important processes like cell attachment and electron transport. Co-migration of phosphate and sulfate transport proteins was also observed.
Česky
Byla provedena komparativní analýza proteinového složení buněk bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans rostlých na elementární síře a na železe. Byl přitom použit nově optimalizovaný protokol využívající imobilizované pH gradienty, vylepšenou redukci proteinů, identifikaci proteinů hmotnostní spektrometrií a kompletní genomovou informaci. Tento přístup vedl ke zobrazení více než 1300 proteinů v širokém a bazickém rozsahu pH, což představuje nejlepší současné rozlišení proteomu A. ferrooxidans. Komparativní obrazová analýza potvrdila, že proteom byl výrazně ovlivněn typem růstu a vedla k identifikaci mnoha fyziologicky významných proteinů. Patří mezi ně sulfátadenylyltranferasa a sulfiddehydrogenasa, které jsou zapojeny do asimilace síranů a metabolismu sulfidů. Další identifikované proteiny jsou zapojeny do důležitých procesů jako sorpce buněk k růstovému substrátu a transport elektronů. Byla rovněž pozorována výrazná komigrace transportních proteinů pro fosfátové a síranové ionty.
Návaznosti
| GA525/04/1309, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
|