Detailed Information on Publication Record
2006
Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka and Jaroslav KOČABasic information
Original name
Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method
Name in Czech
Implementace, optimalizace a paralelizace metod EEM a ABEEM
Authors
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka (203 Czech Republic) and Jaroslav KOČA (203 Czech Republic, guarantor)
Edition
J Comput Chem, 2006, 0192-8651
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
10403 Physical chemistry
Country of publisher
Czech Republic
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impact factor
Impact factor: 4.893
RIV identification code
RIV/00216224:14310/06:00015735
Organization unit
Faculty of Science
UT WoS
000234932000015
Keywords in English
charge distribution; electronegativity equalization method; atom-bond electronegativity equalization method; optimization; parallelization; parallel virtual machine
Tags
Tags
International impact, Reviewed
Změněno: 14/2/2007 15:18, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
V originále
The most common way to calculate charge distribution in a molecule is ab inifio quantum mechanics (QM). Some faster alternatives to QM have also been developed, the so-called "equalization methods" EEM and ABEEM, which are based on DFT. We have implemented and optimized the EEM and ABEEM methods and created the EEM SOLVER and ABEEM SOLVER programs. It has been found that the most time-consuming part of equalization methods is the reduction of the matrix belonging to the equation system generated by the method. Therefore, for both methods this part was replaced by the parallel algorithm WIRS and implemented within the PVM environment. The parallelized versions of the programs EEM SOLVER and ABEEM SOLVER showed promising results, especially on a single computer with several processors (compact PVM).
In Czech
Nejčastěji používanými metodami pro výpočet náboje atomů v rámci molekuly jsou ab-initio kvantově mechanické metody. V nedávné době byly vyvinuty rychlejší metody pro výpočet náboje - eqalizační metody EEM (electronegativity equalization method) a ABEEM (atom-bond electronegativity equalization method), které jsou založeny na DFT. V této práci byly metody EEM a ABEEM implementovány a optimalizovány, přičemž byly vytvořeny programy EEM SOLVER a ABEEM SOLVER. Tyto programy byly otestovány a bylo ověřeno, že jejich výsledky dosahují požadované přesnosti a že jsou výrazně rychlejší než ab-initio metody. Bylo zjištěno, že nejvíce časově náročnou částí equalizačních metod je redukce matice soustavy rovnic, vygenerované při výpočtu. Z tohoto důvodu byla uvedená část algoritmu nahrazena paralelním algoritmem a implementována pomocí PVM (parallel virtual machine). Paralelní verze programů EEM SOLVER a ABEEM SOLVER vykazují výrazné zefektivnění, speciálně při použití víceprocesorového počítače.
Links
| GD204/03/H016, research and development project |
| ||
| MSM0021622413, plan (intention) |
|