a 2006

Chemotaxonomic Characterisation of Pseudomonads by MALDI-TOF MS

ŠEDO, Ondrej, Andrea VÁVROVÁ, Matej LEXA, Ludmila TVRZOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL et. al.

Základní údaje

Originální název

Chemotaxonomic Characterisation of Pseudomonads by MALDI-TOF MS

Název česky

Chemotaxonomická charakterizace pseudomonád pomocí MALDI-TOF MS

Autoři

ŠEDO, Ondrej (203 Česká republika), Andrea VÁVROVÁ (203 Česká republika), Matej LEXA (703 Slovensko), Ludmila TVRZOVÁ (203 Česká republika) a Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, garant)

Vydání

17th International Mass Spectrometry Conference Abstract Book, 2006

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14310/06:00017393

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

MALDI; Proteins; Pseudomonads; Chemotaxonomy

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 9. 4. 2010 13:41, prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Pseudomonads are wide-spread bacteria known for their degradation abilities. Bacteria of the genus are ubiquitous in soil, water and many other natural habitats. Their main importance lies in modification of enviroment (geochemical cycles, biodegradation). Some members of the genus are important pathogens of plants, animals and human. The genus Pseudomonas sensu stricto comprises 160 validly described species and 8 subspecies, at present. Classification of environmental Pseudomonas isolates is often complicated due to heterogeneity and genetic variability of the species. Analysis of intact bacteria cells by Matrix-Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) has been shown to provide characteristic peptide/protein profiles which enable rapid identification of the microorganisms.1 In our work, sample preparation procedures were optimised for this group of Gram-negative bacteria including culture preparation and conditions of MALDI-MS analysis. MS data were processed with software developed at the Department of Informatics. The processing step involves three separate procedures: i) peak recognition and quantification, ii) calculation of inter-spectra similarity values based on selected metrics (shared peak count and its modifications, vector cosine and euclidian distance) and iii) clustering and classification based on the obtained similarity data. Results show our ability to distinguish subtle differences between the samples, well below the species level. MALDI MS has proven as a useful technique for fast taxonomic characterisation of pseudomonads. 1. C. Fenselau, P.A. Demirev, Mass Spectrom. Rev. 20, 157 (2001).

Česky

Na základě MALDI-TOF hmotnostních spekter a charakterizovány různé kmeny rodu Pseudomonas.

Návaznosti

LC06034, projekt VaV
Název: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací