2006
Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
VÁVROVÁ, Andrea, Ludmila TVRZOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Ondrej ŠEDO, Matej LEXA et. al.Základní údaje
Originální název
Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
Název česky
Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
Název anglicky
The use of MALDI-MS for typing Pseudomonas spp.
Autoři
VÁVROVÁ, Andrea (203 Česká republika), Ludmila TVRZOVÁ (203 Česká republika, garant), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika), Matej LEXA (703 Slovensko) a Pavel ŠVEC (203 Česká republika)
Vydání
Tomáškovy dny mladých mikrobiologů, 2006
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/06:00017426
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
Pseudomonas rapid typing mass spectrometry biomarker MALDI TOF MS
Příznaky
Recenzováno
Změněno: 9. 4. 2010 13:42, prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
V originále
Bakterie rodu Pseudomonas jsou hojně zastoupeny v životním prostředí, potravinách a klinickém materiálu. Jeho hlavní význam spočívá v přítomnosti enzymatických drah uplatňujících se v biodegradaci a geochemických cyklech. Bakterie tohoto rodu jsou často izolovány z humánního a veterinárního klinického materiálu jako etiologické agens široké škály infekcí, včetně infekcí nozokomiálních a systémových. Klasifikace a identifikace izolátů z prostředí je problematická vzhledem k heterogenitě a genetické proměnlivosti v rámci rodu. Analýza celobuněčných preparátů metodou hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice při měření délky letu ionizovaných části (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS)je metoda, která se v současnosti začíná využívat pro typizaci a identifikaci mikroorganismů. Využívá specifických peptidových a proteinových profilů jednotlivých izolátů. Cílem naší práce bylo optimalizovat kultivaci, přípravu vzorku a podmínky pro hmotnostní analýzu. Z analýz byla získávána spektra proteinových a peptidových píků, která byla zpracovávána softwarem vyvinutým oddělením informačních technologií při fakultě informatiky Masarykovy univerzity. Zpracování dat umožnilo identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi proteinovými spektry a klasifikaci vzorků. Výsledky metody byli porovnávány s výsledky jiných taxonomických metod. Podařilo se optimalizovat provedení MALDI TOF-MS pro analýzu bakterií rodu Pseudomonas a potvrdit jejich využitelnost v typizaci. Hlavními výhodami metody jsou vysoce reprodukovatelná spektra, rychlost analýzy a práce s malým objemem vzorku. Práce je podporována projekty MSM 0021622413.
Anglicky
Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS, is useful method in classification of environmental and clinical isoaltes of bacteria of teh genus Pseudomonas.
Návaznosti
| LC06034, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| MSM0021622416, záměr |
|