Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.

VÁVROVÁ, Andrea, Ludmila TVRZOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Ondrej ŠEDO, Matej LEXA and Pavel ŠVEC. Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp. (The use of MALDI-MS for typing Pseudomonas spp.). In Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2006.

Basic information

• Original name: Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
• Name in Czech: Využití MALDI-MS pro identifikaci Pseudomonas spp.
• Name (in English): The use of MALDI-MS for typing Pseudomonas spp.
• Authors: VÁVROVÁ, Andrea (203 Czech Republic), Ludmila TVRZOVÁ (203 Czech Republic, guarantor), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic), Ondrej ŠEDO (203 Czech Republic), Matej LEXA (703 Slovakia) and Pavel ŠVEC (203 Czech Republic).
• Edition: Tomáškovy dny mladých mikrobiologů, 2006.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/06:00017426
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: Pseudomonas rapid typing mass spectrometry biomarker MALDI TOF MS
• Tags: Reviewed

Abstract

Bakterie rodu Pseudomonas jsou hojně zastoupeny v životním prostředí, potravinách a klinickém materiálu. Jeho hlavní význam spočívá v přítomnosti enzymatických drah uplatňujících se v biodegradaci a geochemických cyklech. Bakterie tohoto rodu jsou často izolovány z humánního a veterinárního klinického materiálu jako etiologické agens široké škály infekcí, včetně infekcí nozokomiálních a systémových. Klasifikace a identifikace izolátů z prostředí je problematická vzhledem k heterogenitě a genetické proměnlivosti v rámci rodu. Analýza celobuněčných preparátů metodou hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice při měření délky letu ionizovaných části (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS)je metoda, která se v současnosti začíná využívat pro typizaci a identifikaci mikroorganismů. Využívá specifických peptidových a proteinových profilů jednotlivých izolátů. Cílem naší práce bylo optimalizovat kultivaci, přípravu vzorku a podmínky pro hmotnostní analýzu. Z analýz byla získávána spektra proteinových a peptidových píků, která byla zpracovávána softwarem vyvinutým oddělením informačních technologií při fakultě informatiky Masarykovy univerzity. Zpracování dat umožnilo identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi proteinovými spektry a klasifikaci vzorků. Výsledky metody byli porovnávány s výsledky jiných taxonomických metod. Podařilo se optimalizovat provedení MALDI TOF-MS pro analýzu bakterií rodu Pseudomonas a potvrdit jejich využitelnost v typizaci. Hlavními výhodami metody jsou vysoce reprodukovatelná spektra, rychlost analýzy a práce s malým objemem vzorku. Práce je podporována projekty MSM 0021622413.

Abstract (in English)

Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight, MALDI-TOF MS, is useful method in classification of environmental and clinical isoaltes of bacteria of teh genus Pseudomonas.

Links

• LC06034, research and development project: Name: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Regulation of morphogenesis of plant cells and organs

• MSM0021622413, plan (intention): Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• MSM0021622416, plan (intention): Name: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Diversity of Biotic Communities and Populations: Causal Analysis of variation in space and time