2006
Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles.
DAMBORSKÝ, Jiří, Martin PETŘEK, Pavel BANÁŠ a Michal OTYEPKAZákladní údaje
Originální název
Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles.
Název česky
Identifikace tunelů v proteinech, nukleových kyselin, neorganickém materiálu a molekulárn ích shlucích.
Autoři
DAMBORSKÝ, Jiří (203 Česká republika, garant), Martin PETŘEK (203 Česká republika), Pavel BANÁŠ (203 Česká republika) a Michal OTYEPKA (203 Česká republika)
Vydání
Biotechnology Journal, 2006, 1860-6768
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10404 Polymer science
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/06:00017456
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
Tunnels; Proteins; Nucleic Acids; Inorganic Materials; Molecular Ensembles
Změněno: 4. 11. 2006 13:05, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
V originále
BACKGROUND. The main aim of this study was to develop and implement an algorithm for the rapid, accurate and automated identification of paths leading from buried protein clefts, pockets and cavities in dynamic and static protein structures to the outside solvent. RESULTS. The algorithm to perform a skeleton search was based on a reciprocal distance function grid that was developed and implemented for the CAVER program. The program identifies and visualizes routes from the interior of the protein to the bulk solvent. CAVER was primarily developed for proteins, but the algorithm is sufficiently robust to allow the analysis of any molecular system, including nucleic acids or inorganic material. Calculations can be performed using discrete structures from crystallographic analysis and NMR experiments as well as with trajectories from molecular dynamics simulations.
Česky
.............................................................................................................................
Návaznosti
MSM0021622413, záměr |
|