J 2006

Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles.

DAMBORSKÝ, Jiří, Martin PETŘEK, Pavel BANÁŠ a Michal OTYEPKA

Základní údaje

Originální název

Identification of Tunnels in Proteins, Nucleic Acids, Inorganic Materials and Molecular Ensembles.

Název česky

Identifikace tunelů v proteinech, nukleových kyselin, neorganickém materiálu a molekulárn ích shlucích.

Autoři

DAMBORSKÝ, Jiří (203 Česká republika, garant), Martin PETŘEK (203 Česká republika), Pavel BANÁŠ (203 Česká republika) a Michal OTYEPKA (203 Česká republika)

Vydání

Biotechnology Journal, 2006, 1860-6768

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10404 Polymer science

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/06:00017456

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

Tunnels; Proteins; Nucleic Acids; Inorganic Materials; Molecular Ensembles

Štítky

Změněno: 4. 11. 2006 13:05, prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Anotace

ORIG CZ

V originále

BACKGROUND. The main aim of this study was to develop and implement an algorithm for the rapid, accurate and automated identification of paths leading from buried protein clefts, pockets and cavities in dynamic and static protein structures to the outside solvent. RESULTS. The algorithm to perform a skeleton search was based on a reciprocal distance function grid that was developed and implemented for the CAVER program. The program identifies and visualizes routes from the interior of the protein to the bulk solvent. CAVER was primarily developed for proteins, but the algorithm is sufficiently robust to allow the analysis of any molecular system, including nucleic acids or inorganic material. Calculations can be performed using discrete structures from crystallographic analysis and NMR experiments as well as with trajectories from molecular dynamics simulations.

Česky

.............................................................................................................................

Návaznosti

MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím