Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.

MATĚJKOVÁ, Petra, Michal STROUHAL and David ŠMAJS. Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema. (Comparative Genome Sequencing in the genus Treponema.). In Tomáškovy dny 2006 sborník abstraktů. 2006.

Basic information

• Original name: Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.
• Name (in English): Comparative Genome Sequencing in the genus Treponema.
• Authors: MATĚJKOVÁ, Petra (203 Czech Republic), Michal STROUHAL (203 Czech Republic) and David ŠMAJS (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: Tomáškovy dny 2006 sborník abstraktů. 2006.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/06:00016078
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords in English: Comparative Genome Sequencing; genus Treponema.
• Tags: comparative genome sequencing, genus Treponema.

Abstract

Treponema pallidum subsp. pallidum je obligátní lidský patogen a způsobuje onemocnění syfilis. Rod Treponema zahrnuje ještě další blízce příbuzné patogenní zástupce. Tyto druhy a poddruhy se liší mírou patogenity a invazivity pro člověka a nelze je morfologicky ani serologicky navzájem odlišit. Pro získání kompletní sekvence jednotlivých kmenů jsou zjištěné sekvenční změny kombinovány s výsledky WGF experimentů, zejména pro odhalení inzerovaných sekvencí do vyšetřovaného genomu. Metodou CGS jsme provedli srovnání kmenů SS14, Samoan D a Cuniculi A s kmenem Nichols. V genomu T. pallidum subsp. pallidum SS14 bylo v sekvenační fázi identifikováno 231 SNP. Klasické sekvenaci bylo podrobeno 20 úseků genomu. Celkem bylo nalezeno 320 SNP, 11 delecí a 15 inzercí (o délce 1-1255 bp). V genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoan D bylo nalezeno 904 SNP. V genomu T. paraluiscuniculi Cuniculi A bylo identifikováno 5933 SNP.

Abstract (in English)

Treponema pallidum ssp. pallidum is an exclusive human pathogen and the causative agent of syphilis. Genus Treponema encompasses several closely related species/subspecies in which the levels of pathogenicity and invasivity to humans vary to a wide extent. Moreover, these organisms can not be differentiated morphologically or serologically. To obtain complete genome sequence of examined strains CGS found changes were combined with WGF results. We performed comparison of SS14, Samoan D and Cuniculi A strains to Nichols strain. Mapping phase of T. pallidum ssp. pallidum SS14 genome showed 20 hypervariable regions not suitable for further hybridization analysis. Resequencing array revealed 231 SNPs. We found altogether 320 SNPs, 11 deletions and 15 insertions (1-1255 bp in lenght). In T. pallidum ssp. pertenue Samoan D genome, 904 SNPs were identified. In T. paraluiscuniculi Cuniculi A genome 5933 SNPs were discovered.

Links

• GA310/04/0021, research and development project: Name: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Czech Science Foundation, Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NR8967, research and development project: Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministry of Health of the CR