2006
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
STROUHAL, Michal, David ŠMAJS a Petra MATĚJKOVÁZákladní údaje
Originální název
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
Název česky
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
Název anglicky
Comparative genomics of pathogenic strains of T. pallidum.
Autoři
STROUHAL, Michal (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant) a Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika)
Vydání
Tomáškovy dny 2006. Sborník abstraktů. 2006
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14110/06:00016080
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
Comparative genomics; T. pallidum.
Štítky
Změněno: 8. 4. 2010 15:34, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Byly porovnány čtyři genomy blízce příbuzných spirochet rodu Treponema metodou DNA fingerprintingu. Byly vyšetřeny kmeny Nichols, SS14 (T. p. pallidum), Samoan D (T. p. pertenue) a Cuniculi A (T. paraluiscuniculi). T. p. pallidum je etiologickým agens sexuálně přenosné syfilis a je obligátním patogenem člověka, T. p. pertenue způsobuje nevenerické infekce a je mírně invazivní, T. paraluiscuniculi způsobuje venerické onemocnění králíků a je nepatogenní pro člověka. Lze předpokládat, že různá míra invazivity a patogenity těchto spirochet se bude odrážet v rozdílech jejich genomů. Na základě kompletní nukleotidové sekvence kmene Nichols byly genomy vybraných zástupců rozděleny do 97 překrývajících se intervalů, tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Restrikční profily jednotlivých kmenů byly srovnány a použity k identifikaci heterologních oblastí. Rozdíly v genomech byly soustředěny zejména do skupiny tpr genů a do skupiny hypotetických genů, které se nacházejí v jejich blízkosti.
Anglicky
Whole genome fingerprinting was used to compare four treponemal strains including Nichols and SS14 (T. p. pallidum), Samoan D (T. p. pertenue) and Cuniculi A (T. paraluiscuniculi). T. p. pallidum is the causative agent of sexually transmitted syphilis, T. p. pertenue causes endemic non-venereal treponemal infections and T. paraluiscuniculi is the etiologic agent of venereal syphilis in rabbits and does not infect humans. The different degrees of invasivity and pathogenicity of these strains should correspond to the differences in their genomes. The genomes of analysed strains were divided into 97 overlapping intervals covering the whole genome and each of these segments was amplified and digested by restriction enzymes BamH I, EcoR I and Hind III. The resulting restiction profiles were used for identification of heterologous regions in chromosomal DNA of analysed strains. The genome differences are preferentially localized in the vicinity of tpr genes.
Návaznosti
| GA310/04/0021, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| NR8967, projekt VaV |
|