2006
Vybrané aplikace technologie cDNA microarrays v onkologickém výzkumu
KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA a Michal KOZUBEKZákladní údaje
Originální název
Vybrané aplikace technologie cDNA microarrays v onkologickém výzkumu
Název anglicky
Selected applications of cDNA microarrays technology in oncological research
Autoři
KOUTNÁ, Irena (203 Česká republika, garant), Petr KRONTORÁD (203 Česká republika), Zbyněk SVOBODA (203 Česká republika) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika)
Vydání
Klinická onkologie, Czech Republic, ApS BRNO, 2006, 0862-495X
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14330/06:00016105
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
Klíčová slova anglicky
microarrays; leukemia; colon cancer; ex vivo diferentiation
Příznaky
Recenzováno
Změněno: 12. 2. 2007 07:49, doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D.
V originále
V této publikaci přinášíme přehled vědeckých prací, ve kterých nám technologie cDNA microarrays umožnila nové náhledy do procesů maligní transformace. Díky této technologii dnes můžeme sledovat v jeden okamžik expresní aktivitu tisíců genů. S pomocí vhodných nástrojů můžeme naměřené hodnoty dávat do souvislostí, které byly ještě nedávno prakticky nemyslitelné. V naší laboratoři jsme vyvinuli nové nástroje a postupy pro analýzu microarrays a pro zpracování výsledků do podoby použitelné v onkologickém výzkumu. Pro sledování některých charakteristik je nutné použít vizualizační nástroje. Například pro sledování aktivity určitých oblastí chromosomů jsou velmi vhodné transkripční mapy (dále TM). Implementovali jsme vlastní software pro generování TM a díky kombinaci jeho výstupů s dosavadními znalostmi jsme formulovali závěry našich experimentů. Intuitivním rozšířením TM jsme dosáhli mnoha dalších vizualizací např. hustoty aktivních genů, kumulativní exprese oblastí atp. Tyto nástroje by měly v budoucnosti pomáhat klinikům při diagnostice zhoubných malignit a určování následné léčby.
Anglicky
In this paper we bring a scientific review of studies in which cDNA microarrays technology allowed us to create new insights into malignant transformation processes. We can monitor parallel expression activity of thousands of genes using this technology. Using appropriate tools we can evaluate biological correlations that were practically impossible few years ago. We have developed new tools and techniques transforming the data into form suitable for oncological research. Special visualizations are necessary for some types of studies. E.g. transcription maps are proper tool for studying activity of chromosomal regions. We have implemented our own software for TM generating. On the basis of combination of its outputs and actual knowledge we have formulated our conclusions. Using intuitive TM extensions we have obtained many useful visualizations e.g. density of active genes, cumulative expression etc. These tools are supposed to help clinicians while forming diagnoses of malignant diseases and while treatment planning. Keywords: microarrays, leukemia, colorectal carcinoma, ex vivo differentiation
Návaznosti
| GP301/04/P136, projekt VaV |
| ||
| 1A8241, projekt VaV |
|