2007
New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Eva BÁRTOVÁ, Michal KOZUBEK et. al.Základní údaje
Originální název
New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
Název česky
Nové poznatky v oblasti pozičního klastrování genů získané globální analýzou diferenciačních drah
Autoři
KOUTNÁ, Irena (203 Česká republika, garant), Petr KRONTORÁD (203 Česká republika), Zbyněk SVOBODA (203 Česká republika), Eva BÁRTOVÁ (203 Česká republika), Michal KOZUBEK (203 Česká republika) a Stanislav KOZUBEK (203 Česká republika)
Vydání
Genomics, United States, Elsevier Science Inc, 2007, 0888-7543
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 3.613
Kód RIV
RIV/00216224:14330/07:00019031
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
UT WoS
000243302400008
Klíčová slova anglicky
Gene clustering; Differentiation; Microarrays; HL-60; K-562
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 8. 2. 2008 10:16, doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D.
V originále
To understand how genes are distributed on chromosomes we bring new insights into gene positional clustering and its properties. We have made a large-scale analysis of three types of differentiation and we observed that genes that subsequently enter into different cell processes are positionally clustered on chromosomes. Genes from the clusters are transcribed subsequently with respect to time kinetics and also to position. This means that the genes related to a cellular process are clustered together, independent of the period of time during which they are active and important for the process. Our results also demonstrate not only that there are general regions of increased or decreased levels of gene expression, but also that, in fact, in some chromosome regions we can find clustering of genes related to specific cell processes. The results provided in this paper also support the theory of transcription factories and show that transcription of genes from the clusters is managed by softer epigenetic mechanisms.
Česky
Naše práce přináší nové poznatky o vlastnostech genů a jejich pozičním klastrování, a přispívá k pochopení distribuce genů na chromozomech. Provedli jsme globální analýzu tří typů diferenciace a pozorovali jsme poziční klastrování genů na chromozomech, které postupně vstupují do rozdílných buněčných procesů. Geny z klastrů jsou transkribovány postupně, vzhledem k časové kinetice a také jejich pozici. Z toho vyplývá, že geny podílející se na určitém procesu v buňce jsou umístněny v klastrech, nezávisle na čase jejich aktivace v daném procesu. Naše výsledky dokazují nejen existenci regionů se zvýšenou či sníženou hladinou exprese, ale také to, že v určitých chromozomálních regionech se nachází klastry genů, podílejících se na specifickém buněčném procesu. Naše výsledky mimo jiné podporují teorii "transkripčních továren" a ukazují, že při transkripci z klastrů hrají důležitou roli jemnější epigenetické mechanismy
Návaznosti
| GP301/04/P136, projekt VaV |
| ||
| LC535, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622419, záměr |
| ||
| 1A8241, projekt VaV |
|