KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Eva BÁRTOVÁ, Michal KOZUBEK and Stanislav KOZUBEK. New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways. Genomics. United States: Elsevier Science Inc, 2007, vol. 89, No 1, p. 81-88. ISSN 0888-7543.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
Name in Czech Nové poznatky v oblasti pozičního klastrování genů získané globální analýzou diferenciačních drah
Authors KOUTNÁ, Irena (203 Czech Republic, guarantor), Petr KRONTORÁD (203 Czech Republic), Zbyněk SVOBODA (203 Czech Republic), Eva BÁRTOVÁ (203 Czech Republic), Michal KOZUBEK (203 Czech Republic) and Stanislav KOZUBEK (203 Czech Republic).
Edition Genomics, United States, Elsevier Science Inc, 2007, 0888-7543.
Other information
Original language English
Type of outcome Article in a journal
Field of Study Genetics and molecular biology
Country of publisher United States of America
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
Impact factor Impact factor: 3.613
RIV identification code RIV/00216224:14330/07:00019031
Organization unit Faculty of Informatics
UT WoS 000243302400008
Keywords in English Gene clustering; Differentiation; Microarrays; HL-60; K-562
Tags cbia-web, differentiation, Gene clustering, HL-60, K-562, microarrays
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Changed: 8/2/2008 10:16.
Abstract
To understand how genes are distributed on chromosomes we bring new insights into gene positional clustering and its properties. We have made a large-scale analysis of three types of differentiation and we observed that genes that subsequently enter into different cell processes are positionally clustered on chromosomes. Genes from the clusters are transcribed subsequently with respect to time kinetics and also to position. This means that the genes related to a cellular process are clustered together, independent of the period of time during which they are active and important for the process. Our results also demonstrate not only that there are general regions of increased or decreased levels of gene expression, but also that, in fact, in some chromosome regions we can find clustering of genes related to specific cell processes. The results provided in this paper also support the theory of transcription factories and show that transcription of genes from the clusters is managed by softer epigenetic mechanisms.
Abstract (in Czech)
Naše práce přináší nové poznatky o vlastnostech genů a jejich pozičním klastrování, a přispívá k pochopení distribuce genů na chromozomech. Provedli jsme globální analýzu tří typů diferenciace a pozorovali jsme poziční klastrování genů na chromozomech, které postupně vstupují do rozdílných buněčných procesů. Geny z klastrů jsou transkribovány postupně, vzhledem k časové kinetice a také jejich pozici. Z toho vyplývá, že geny podílející se na určitém procesu v buňce jsou umístněny v klastrech, nezávisle na čase jejich aktivace v daném procesu. Naše výsledky dokazují nejen existenci regionů se zvýšenou či sníženou hladinou exprese, ale také to, že v určitých chromozomálních regionech se nachází klastry genů, podílejících se na specifickém buněčném procesu. Naše výsledky mimo jiné podporují teorii "transkripčních továren" a ukazují, že při transkripci z klastrů hrají důležitou roli jemnější epigenetické mechanismy
Links
GP301/04/P136, research and development projectName: Včasná diagnostika leukémií užitím technologie DNA-mikročipů a sledováním epigenetických změn
Investor: Czech Science Foundation, Postdoctoral projects
LC535, research and development projectName: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Basic Research Center
MSM0021622419, plan (intention)Name: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Research Intents
1A8241, research and development projectName: Nové možnosti diagnostiky leukémií s využitím technologie DNA-mikročipů
Investor: Ministry of Health of the CR, Health of People (National Research Programme)
PrintDisplayed: 26/2/2021 10:48