Comparative study on the identification of Bifidobacterium strains using DNA fingerprinting methods

RITTICH, Bohuslav, Jana KŘÍŽOVÁ and Alena ŠPANOVÁ. Comparative study on the identification of Bifidobacterium strains using DNA fingerprinting methods. In 5th Meeting of the European Mucosal Immunology Group. Praha: Czech Immunological Society, 2006, p. 126-126.

Basic information

• Original name: Comparative study on the identification of Bifidobacterium strains using DNA fingerprinting methods
• Name in Czech: Srovnávací studie identifikace bifidobakterií s využitím DNA typizačních metod
• Authors: RITTICH, Bohuslav (203 Czech Republic, guarantor), Jana KŘÍŽOVÁ (203 Czech Republic) and Alena ŠPANOVÁ (203 Czech Republic).
• Edition: Praha, 5th Meeting of the European Mucosal Immunology Group, p. 126-126, 1 pp. 2006.
• Publisher: Czech Immunological Society

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/06:00018075
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: Bifidobacterium; identification; ARDRA; rep-PCR
• Tags: ARDRA, Bifidobacterium, identification, rep-PCR
• Tags: International impact

Abstract

Methods based on genus-specific PCR, species-specific PCR, amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) of PCR amplicons (914 bp) using 6 restriction enzymes, DNA fingerprinting methods - RAPD with 7 random primers and rep-PCR using both BOXA1R and (GTG)5 ones, were used to differentiate among 16 type and collection Bifidobacterium strains of 11 species of human origin, B. animalis and B. lactis and Bifidobacterium spp. collected in Culture Collection of Dairy Microorganisms (CCDM, Tábor, Czech Republic). The highest discrimination power had the RAPD method which distinguished all tested species. Bifidobacterium sp. CCDM 223 strain was identified as Bifidobacterium adolescentis species. The other six Bifidobacterium sp. CCDM were classified as species.

Abstract (in Czech)

Metody založené na rodově a druhově specifické PCR, restrikční analýze (ARDRA) PCR amplikonu (914 bp) s použitím 6 restrikčních endonukleáz, RAPD s použitím 7 náhodných primerů, rep-PCR s použitím BOXA1R a (GTG)5 primerů byly použity k k rozlišení 16 typových a sbírkových kmenů bifidobakterií náležejících do 11 druhů lidského původu, B. animalis a B. lactis. Nejvyšší rozlišovací schopnost měla metoda RAPD, pomocí které byly rozlišeny všechny analyzované kmeny. Dále byly analyzovány kmeny ze sbírky Laktoflora (CCDM, Tábor, Czech Republic).Kmen Bifidobacterium sp. CCDM 223 byl identifikován jako Bifidobacterium adolescentis.Dalších šest kmenů bylo určeno jako Bifidobacterium lactis.

Links

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• 1G58097, research and development project: Name: Molekulárně-genetické metody pro identifikaci probiotických bakterií lidského původu s vhodnými technologickými a hygienicko-zdravotními vlastnostmi pro výrobu funkčních potravin.

Investor: Ministry of Agriculture of the CR, Molecular-genetic methods for identification of probiotic bakteria with good technologic, hygienic, and health properties