Identification of mycobacterium sp. cells using PCR after isolation of PCR-ready DNA by magnetic microspheres

TĚŠÍNSKÁ, Iva, Alena ŠPANOVÁ, Bohuslav RITTICH a Milan BARTOŠ. Identification of mycobacterium sp. cells using PCR after isolation of PCR-ready DNA by magnetic microspheres. In 26th International symposium on Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides. Innsbruck: Dechema, 2006, s. 77-77.

Základní údaje

• Originální název: Identification of mycobacterium sp. cells using PCR after isolation of PCR-ready DNA by magnetic microspheres
• Název česky: Identifikace buněk Mycobacterium sp. pomocí PCR po izolaci DNA pomocí magnetických mikročástic
• Autoři: TĚŠÍNSKÁ, Iva (203 Česká republika), Alena ŠPANOVÁ (203 Česká republika), Bohuslav RITTICH (203 Česká republika, garant) a Milan BARTOŠ (203 Česká republika).
• Vydání: Innsbruck, 26th International symposium on Separation of Proteins, Peptides and Polynucleotides, od s. 77-77, 1 s. 2006.
• Nakladatel: Dechema

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Rakousko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/06:00016212
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova anglicky: Mycobacterium; Identification; PCR; P(HEMA-co-GMA) magnetic particles
• Štítky: identification, MYCOBACTERIUM, P(HEMA-co-GMA) magnetic particles, PCR
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

The aim of this work was to optimize the conditions for DNA and RNA adsorption and desorption depending on the composition of the binding buffer. For this study, chicken erythrocyte DNA and calf liver RNA were used as model compounds. The final binding buffer composition was optimized using the following combinations: 4, 6, 8, and 12% PEG, and 1.0, 1.5, 2.0, and 2.5M NaCl. The binding buffer containing 8% PEG and 2M NaCl (final concentration) was shown to be the most appropriate combination for further studies. Separated DNA was eluted using TE buffer. The method developed was applied for isolation of PCR-ready DNA from mycobacterial cells using magnetic particles. Mycobacterial DNA from the eluate was detected by amplification of the IS900 and IS901 elements, special markers for the species Mycobacterium sp. avium and Mycobacterium sp. paratuberculosis. .

Anotace česky

Cílem této práce bylo optimalizovat pro adsorpci a desorpci v závislosti na složení vazebného pufru.DNA z kuřecích erytrocytů a RNA z hovězích jater byly použity jako modelové sloučeniny. Optimalizace vazebného pufru byla provedena z následujících kombinací: 4, 6, 8, a 12% PEG; a 1,0, 1,5, 2,0, and 2,5 M NaCl. Vazebný pufr obsahující 8 % PEG a 2 M NaCl byl shledán jako nejvhodnější kombinace pro další studue. Separovaná DNAbyla eluována pomocí TE pufru. Vyvinutý postup byl využit pro izolaci DNA v kvalitě pro PCR z buněk mykobakterií za použitímagnetických částic. DNA v eluátu byla detekována amplifikací IS900 a IS901 elementů, speciciálních markerů pro druhy Mycobacterium sp. avium a Mycobacterium sp. paratuberculosis.

Návaznosti

• GA203/05/2256, projekt VaV: Název: Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství

Investor: Grantová agentura ČR, Magnetické hydrofilní polymerní mikročástice reagující na vnější stimuly pro lékařství a bioinženýrství