Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study

RÁZGA, Filip, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER. Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study. In Strukturní biofyzika makromolekul II. první. Brno: Brno, 2007, s. 14-14.

Základní údaje

Originální název

Elastic properties of ribosomal RNA building blocks: Molecular dynamics study

Název česky

Elastické vlastnosti stavebných blokov ribozomálnej RNA: Molekulovo dynamická štúdia

Autoři

RÁZGA, Filip, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER

Vydání

první. Brno, Strukturní biofyzika makromolekul II, od s. 14-14, 1 s. 2007

Nakladatel

Brno

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

RNA flexibility; Molecular dynamics

Štítky

molecular dynamics, RNA flexibility

---

Anotace

V originále

Explicit solvent Molecular Dynamics was used to describe the intrinsic flexibility of 23S rRNA Kink-turn motifs (e.g. Kt-38, Kt-42, Kt-58) and 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA with adjacent Kt-42). We demonstrate how rRNA building blocks with contrasting intrinsic flexibilities can form larger architectures with highly specific patterns of preferred low-energy motions and geometries. Additionally, the preferred low-energy motions of different rRNA motifs (e.g. 23S rRNA Kink-turn motifs, 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA), 23S rRNA Helix 90-92 (i.e. three-way-junction with A-loop), 23S Sarcin-ricin loop, 16S rRNA Helix 44 and 5S rRNA loop E) will be compared and discussed.

Česky

Explicit solvent Molecular Dynamics was used to describe the intrinsic flexibility of 23S rRNA Kink-turn motifs (e.g. Kt-38, Kt-42, Kt-58) and 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA with adjacent Kt-42). We demonstrate how rRNA building blocks with contrasting intrinsic flexibilities can form larger architectures with highly specific patterns of preferred low-energy motions and geometries. Additionally, the preferred low-energy motions of different rRNA motifs (e.g. 23S rRNA Kink-turn motifs, 23S rRNA Helix 42-44 (i.e. GTPase associated center rRNA), 23S rRNA Helix 90-92 (i.e. three-way-junction with A-loop), 23S Sarcin-ricin loop, 16S rRNA Helix 44 and 5S rRNA loop E) will be compared and discussed.