Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas

TESHIM, Andrea, Ludmila TVRZOVÁ, Ivo SEDLÁČEK, Ondrej ŠEDO, Zbyněk ZDRÁHAL a Matej LEXA. Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas. In Tomáškovy dny mladých mikrobiologů. 2007.

Základní údaje

• Originální název: Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas
• Název česky: Využití MALDI-MS celobuněčných profilů při charakterizaci bakterií rodu Aeromonas
• Název anglicky: The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Aeromonas
• Autoři: TESHIM, Andrea (203 Česká republika), Ludmila TVRZOVÁ (203 Česká republika, garant), Ivo SEDLÁČEK (203 Česká republika), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Matej LEXA (703 Slovensko).
• Vydání: Tomáškovy dny mladých mikrobiologů, 2007.

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/07:00022166
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova anglicky: Aeromonas MALDI MS Whole cell analysis
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Rod Aeromonas působí jako podmíněný patogen člověka, teplokrevných a hlavně studenokrevných živočichů. Je častým izolátem z humánního a veterinárního klinického materiálu. Taxonomie rodu se vyvíjí; dle současného systému klasifikace patří do čeledi Aeromonadaceae řádu Aeromonadales3. Rod vykazuje vysokou heterogenitu a genetickou proměnlivost, fenotypová diferenciace je obtížná. Validně bylo doposud popsáno 17 druhů aeromonád řazených do pěti skupin1. Metoda matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight2 hmotnostní spektrometrie je analytická technika identifikující markery bakteriálního proteomu. Je vhodná pro rychlou identifikaci spekter MALDI MS profilu, charakteristického v rámci rodu, druhu a kmene. Cílem práce byla optimalizace kultivace, přípravy vzorku a podmínek pro hmotnostní analýzu, následné stanovení MALDI-MS profilu rodu, vyhledání druhově a rodově specifických markerů a jejich využití k taxonomické diferenciaci. Z analýzy celobuněčných vzorků aeromonád byla získána hmotnostní spektra proteinových a peptidových markerů. Zpracování dat zahrnuje identifikaci a kvantifikaci píků, výpočet podobnosti mezi spektry, shlukovou analýzu dat a klasifikaci vzorku. S využitím metody MALDI TOF jsme docílili jasných a rychlých výsledků diferenciace 45ti kmenů aeromonád zahrnujících referenční kmeny i izoláty z prostředí. Významným přínosem metody byla vnitrodruhová diferenciace kmenů a odlišení druhů fenotypově nerozlišitelných.

Anotace anglicky

The genus Aeromonas is one of the medically important genera. Strains of this genus are often isolated from human and veterinary clinical material. The evolving taxonomy of the genus is in great progress. According to the contemporary system of classification genus belongs to the family Aeromonadacae and the order Aeromonadales3. The genus is typical by great heterogeneity and genetic variability; phenotypic differentiation is difficult. There were validly described 17 species of the genus Aeromonas classified into five groups1. Matrix assisted laser desorption/ionization time of flight2 mass spectrometry is an analytical technic, which identifies markers of the bacterial proteome. It is suitable for a rapid identification of spectral outcomes using MALDI MS profiles of the genus. Specific markers of genus and species are used for taxonomic differentiation. There were acquired typical mass spectra of protein and peptide markers by analysis of whole cells samples. The data processing means the identification and quantification of peak list, the calculation of similarity among spectra, cluster analysis and classification of the sample. By the use of the method MALDI TOF there were obtained clear and rapid outcomes for differentiation of 45 strains of the genus Aeromonas, including reference strains and the isolates from the environment. The important income of the method was intraspecies differentiation of the strains and differentiation of the species that are not distinguishable phenotypically.

Návaznosti

• LC06034, projekt VaV: Název: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• MSM0021622416, záměr: Název: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Diverzita biotických společenstev: kauzální analýza variability v prostoru a čase