D 2007

Sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D genome.

MATĚJKOVÁ, Petra, Michal STROUHAL, David ŠMAJS, S. J. NORRIS, G. M. WEINSTOCK et. al.

Základní údaje

Originální název

Sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D genome.

Název česky

Sekvencování genomu Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D.

Autoři

MATĚJKOVÁ, Petra, Michal STROUHAL, David ŠMAJS, S. J. NORRIS a G. M. WEINSTOCK

Vydání

Munich, Germany, In Abstract Book: 17th European Congress of Clinical Microbiology and Infectous Diseases. INTERNATIONAL JOURNAL OF ANTIMICROBIAL AGENTS. s. 238-238, 2007

Nakladatel

European Congress of Clinical Microbiology and Infectous Diseases

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 2.338

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

ISSN

UT WoS

000253692400750

Klíčová slova anglicky

Sequencing; Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D

Štítky

Změněno: 8. 4. 2010 15:08, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Although syphilis and yaws have different clinical manifestation, the pathogens are microscopically and serologically indistinguishable. Genome scale approaches (microarray hybridisations and whole genome fingerprinting, WGF) showed that there are no gene deletions and multiplications and no large indels. Relatively subtle genetic differences responsible for different pathogenesis of syphilis and yaws thus require complete genome sequence of TPE. Physical map of complete genome sequence obtained by combination of CGS and DDT of heterologous regions was confirmed by WGF. CGS together with DDT sequencing and WGF was employed to obtain complete genome sequence of TPE Samoa D strain. The unfinished complete genome sequence comprised 1 linear contig. In silico proteome analysis revealed that more than 300 proteins (out of 1039 proteins predicted in TPA Nichols strain) were affected by sequence changes. The genome sequence of yaws treponeme was used to define intersubspecies difference between TPE and TPA.

Česky

Genom Treponema pallidum ssp. pertenue (byl sekvencován dvěma nezávislými technikami komparativním genomovým sekvencováním a pyrosekvencováním. Obě techniky byly porovnány.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů