D 2007

On Simulating 3D Fluorescent Microscope Images

SVOBODA, David, Marek KAŠÍK, Martin MAŠKA, Jan HUBENÝ, Stanislav STEJSKAL et. al.

Základní údaje

Originální název

On Simulating 3D Fluorescent Microscope Images

Název česky

Simulace 3D fluorescenčních mikroskopických obrazových dat

Autoři

SVOBODA, David (203 Česká republika, garant), Marek KAŠÍK (203 Česká republika), Martin MAŠKA (203 Česká republika), Jan HUBENÝ (203 Česká republika), Stanislav STEJSKAL (203 Česká republika) a Michal ZIMMERMANN (203 Česká republika)

Vydání

Berlin, Heidelberg, Computer Analysis of Images and Patterns, od s. 309-316, 8 s. 2007

Nakladatel

Springer-Verlag

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Rakousko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14330/07:00022493

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-540-74271-5

UT WoS

000249585600039

Klíčová slova anglicky

synthetic image; simulator; procedural texture; convolution; fluorescent optical microscope

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 22. 5. 2009 16:06, doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.

Anotace

V originále

In recent years many various biomedical image segmentation methods have appeared. Though typically presented to be successful the majority of them was not properly tested against ground truth images. The obvious way of testing the quality of new segmentation was based on visual inspection by a specialist in the given field. The novel 3D biomedical image data simulator is presented in this paper. It offers the results of high quality. The evaluation of generated synthetic data is compared against real image data using standard similarity techniques.

Česky

V posledních letech se objevila celá řada různých segmentačních technik vhodných pro biomedicínská obrazová data. Ačkoliv většina z těchto technik byla označována jako úspešných, jen málo jich bylo řádně testováno porovnáním výsledků s tzv. referečními daty. Většina z nich byla ověřena pouhým optickým porovnáním. V tomto článku je prezentován 3D simulátor schopný generovat syntetická data podobná těm, která jsou produkována při fluorescenční mikroskopii. Druhým neméně důležitým výstupem tohoto simulátoru jsou rovněž odpovídající referenční data vhodná právě k testování kvality libovolných segmentačních technik.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů