Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays

BUDINSKÁ, Eva and Jiří JARKOVSKÝ. Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays (Statistical approaches for identification of areas of DNA alteration analyzed by CGH arrays). Klinická onkologie, Supplementum. BRNO: ApS BRNO, spol. s r. o, 2006, vol. 19, Prosinec, p. 368-372. ISSN 0862-495X.

Basic information

• Original name: Metody detekce alterovaných oblastí DNA z dat CGH arrays
• Name (in English): Statistical approaches for identification of areas of DNA alteration analyzed by CGH arrays
• Authors: BUDINSKÁ, Eva (703 Slovakia, guarantor) and Jiří JARKOVSKÝ (203 Czech Republic).
• Edition: Klinická onkologie, Supplementum, BRNO, ApS BRNO, spol. s r. o, 2006, 0862-495X.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 10103 Statistics and probability
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14110/06:00019087
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords in English: array CGH statistical analysis breakpoint segmentation
• Tags: Reviewed

Abstract

CGH arrays se v dnešní době staly významnou technikou v analýze genomu. Využívají se pro detekci změn v počtu kopií genů nebo chromozomů, popřípadě jiných chromosomových přestaveb. Základní metodou je porovnávání DNA vzorku a zdravé kontroly pomocí komparativní genomové hybridizace (CGH). Analýza genetické nestability u nádoru a s ní spojené hledání nádorových markerů se dá využít jak v diagnostice nádorů (klasifikace nádorů do již existujících skupin, hledání nových podskupin), tak i v predikci jejich odpovědi na léčbu. Výhodou technologie CGH arrays je možnost analýzy celého genomu v jediném experimentu. To ovšem znamená, že metoda produkuje velké množství dat, které musí být správně matematicky vyhodnoceny a základním cílem článku je tak představení těchto matematických metod a jejich softwarové implementace.

Abstract (in English)

Nowadays, array CGH experiments became a powerful technique for analysing changes in DNA by comparing control DNA and DNA of interest. This is widely used for example in genome cancer studies. Analysis of the tumour genome instabilities and the search for tumour markers can be used for the tumour diagnostics (tumour classification, detection of the new clinical groups of tumours) or for the prediction of the response to therapy. The method produce huge amount of data and special statistic techniques for detecting of genomic changes are necessary. The purpose of this paper is to provide brief summary of existing statistical methods used in CGH array analysis and their software implementation.

Links

• NR9076, research and development project: Name: Genomické profilování v predikci odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem konečníku