2008
Multicriteria tunnel computation
MEDEK, Petr, Petr BENEŠ a Jiří SOCHORZákladní údaje
Originální název
Multicriteria tunnel computation
Název česky
Výpočet tunelů se zohledněním doplňujících kritérií
Autoři
MEDEK, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), Petr BENEŠ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Innsbruck, Rakousko, CGIM '08 Proceedings of the Tenth IASTED International Conference on Computer Graphics and Imaging, od s. 160-164, 5 s. 2008
Nakladatel
ACTA Press
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele
Rakousko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
tištěná verze "print"
Kód RIV
RIV/00216224:14330/08:00024595
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-0-88986-720-8
Klíčová slova anglicky
protein; tunnel; multicriteria computation; computational geometry
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 20. 10. 2015 12:51, prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
V originále
Recent approaches to tunnel computation in protein molecules based on computational geometry are able to satisfactorily compute the narrowest possible width of any tunnel leading from a specified position inside the protein molecule to its surface. However, chemists are not only interested in the minimal width of a tunnel, they would also like to consider other criteria such as the length of the tunnel or its volume. In this paper we present an extension of the recent approach to tunnel computation which could take these other criteria into account. Using Delaunay triangulation we compute the set of all the tunnels which have the widest possible narrowest part, and select the best representative of this set in view of its additional criteria. Even though the extension is straightforward, it has many useful practical impacts. The major contribution of this approach is that it allows us to evaluate dynamic properties of protein molecules by tracing a computed tunnel in the sequence of several molecule snapshots in time. This new approach was implemented and piloted on real biochemical data.
Česky
Existující přístupy k výpočtu tunelů v molekulách proteinů, které jsou založené na výpočetní geometrii jsou schopny vypočítat nejužší místo tunelu, vedoucího z aktivního místa na povrch molekuly. Chemici ale potřebují zohlednit i další parametry, jako je například délka tunelu nebo objem tunelu. V tomto článku je prezentováno rozšíření, které zohlední i další kritéria. Tunel, který splňuje i další kritéria může být vybrán jako vhodný reprezentant pro analýzu molekulové dynamiky. Metoda byla implementována a otestována na reálných sekvencích molekul proteinů.
Návaznosti
| GA201/07/0927, projekt VaV |
| ||
| LC06008, projekt VaV |
|