J 2007

Genome Differences between Treponema pallidum subsp. pallidum Strain Nichols and T. paraluiscuniculi Strain Cuniculi A

STROUHAL, Michal, David ŠMAJS, Petra MATĚJKOVÁ, Erica SODERGREN, Anita G. AMIN et. al.

Základní údaje

Originální název

Genome Differences between Treponema pallidum subsp. pallidum Strain Nichols and T. paraluiscuniculi Strain Cuniculi A

Název česky

Genomové rozdíly mezi Treponema pallidum subsp. pallidum Nichols a T. paraluiscuniculi Cuniculi A

Autoři

STROUHAL, Michal (203 Česká republika), David ŠMAJS (203 Česká republika, garant), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Erica SODERGREN (840 Spojené státy), Anita G. AMIN (840 Spojené státy), Jerrilyn K. HOWELL (840 Spojené státy), Steven J. NORRIS (840 Spojené státy) a George M. WEINSTOCK (840 Spojené státy)

Vydání

INFECTION AND IMMUNITY, The American Society for Microbiology, 2007, 0019-9567

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 3.996

Kód RIV

RIV/00216224:14110/07:00019192

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

UT WoS

000251341500036

Klíčová slova anglicky

Treponema pallidum; Treponema paraluiscuniculi; restriction analysis

Štítky

Změněno: 25. 6. 2009 15:47, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

The genome of Treponema paraluiscuniculi strain Cuniculi A was compared to the genome of the syphilis spirochete Treponema pallidum subsp. pallidum strain Nichols using DNA microarray hybridization, whole-genome fingerprinting, and DNA sequencing. Using these approaches, deletions, insertions, and prominent sequence changes were found in 38 gene homologs and six intergenic regions of the Cuniculi A genome when it was compared to the genome of T. pallidum subsp. pallidum Nichols. Most of the observed differences were localized in tpr loci and the vicinity of these loci. In addition, 14 other genes were found to contain frameshift mutations resulting in major changes in protein sequences. Analysis of restriction target sites representing 0.34% of the total genome length and DNA sequencing of three PCR products (0.46% of the total genome length) amplified from Cuniculi A chromosomal regions and comparison to the Nichols genome revealed a sequence similarity of 98.6 to 99.3%. These results are consistent with a close genetic relationship among the T. pallidum strains and subspecies and a strong, but relatively divergent connection between the human and rabbit pathogens.

Česky

Byly identifikovány genomové rozdíly mezi Treponema pallidum subsp. pallidum Nichols a T. paraluiscuniculi Cuniculi A. Tyto výsledky byly diskutovány v kontextu dalších dat.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů