The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Pseudomonas

TESHIM, Andrea, Ludmila TVRZOVÁ, Ondrej ŠEDO, Matej LEXA, Ivo SEDLÁČEK, Zbyněk ZDRÁHAL a Pavel ŠVEC. The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Pseudomonas. In Connections between Collections. 2007. ISBN 978-3-00-022417-1.

Základní údaje

Originální název

The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Pseudomonas

Název česky

Aplikace MALDI MS celobuněčných profilů rodu Pseudomonas

Autoři

TESHIM, Andrea (203 Česká republika), Ludmila TVRZOVÁ (203 Česká republika, garant), Ondrej ŠEDO (703 Slovensko), Matej LEXA (703 Slovensko), Ivo SEDLÁČEK (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Pavel ŠVEC (203 Česká republika)

Vydání

Connections between Collections, 2007

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14310/07:00023900

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-3-00-022417-1

Klíčová slova anglicky

Pseudomonas; MALDI-TOF MS; whole cell protein/peptide profiles; mass spectrometry; bacteria

Štítky

bacteria, MALDI-TOF MS, mass spectrometry, Pseudomonas, whole cell protein/peptide profiles

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

The genus Pseudomonas is wide-spread in the enviroment, food and human and veterinary clinical material. Pseudomonads are often resistant to antibiotics and chemicals and take part in structure of biofilms with the posibility of colonization of different mucosa and tissue. They are responsible for nosocomial and systemic infections. Their importance lies in the potencial of enzymatic ways of biodegradation and geochemical cycles too. The genus Pseudomonas sensu stricto a poddruhů. comprises more than hundered validly described species and subspecies, at the present. Classification of environmental isolates is often complicated due to the heterogeneity and genetic variability of the species. The evolving taxonomy of the genus is in great progress now. Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry is an analytical technic, which identifies specific markers of the bacterial proteome. This method has been succesfully applied to identification of related genus Aeromonas and is able to distinguish two closely related organisms, that are misidentified phenotypically or genotypically. In our work, sample preparation procedures were optimised including culture preparation and conditions of MALDI-MS analysis of 90 proteobacteria strains. By the use of the method MALDI TOF there were obtained clear and rapid outcomes of mass spectra of markers. The data processing means the identification and quantification of peak list, the calculation of the similarity among spectra, cluster analysis and finally classification of the sample. There was acquired typical mass spectra of characteristic MALDI MS profiles which enable rapid characterization of the microorganisms on the the genus, species and strain levels.

Česky

Rod Pseudomonas je široce rozšířen v prostředí a bývá častým izolátem lidského a veterinárního klinického materiálu. Pseudomonády vykazují četné rezistence na antibiotika a chemické látky a jsou schopny tvořit biofilm s nebezpečím kolonizace sliznice a tkání. Jejich význam spočívá v potenciálu enzymatických drah a v působení v geochemických cyklech a při biodegradacích. Pseudomonas sendu stricto v současnosti zahrnuje více než 100 platně popsaných druhů. Identifikace je často komplikovaná vzhledem k heterogenitě a genetické variabilitě uvnitř rodu. Taxonomie pseudomonád prodělává velký vývoj. Hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice s měřením délky letu (Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry)je analytická technika, která identifikuje protein/peptidové markery bakteriálního proteomu. Metoda byla úspěšně aplikovaná u příbuzných rodů a je schopna rozeznat příbuzné mikroorganismy, které jsou neodlišitelné genotypizačními metodami a biotypizací. Cílem naší studie bylo optimalizovat metodu analýzy a přípravy vzorku. Metodou byla získána reprodukovatelná spektra 90ti kmenů rodu Pseudomonas. Analýza dat zahrnovala identifikaci a kvantifikaci signálů, výpočet podobnosti mezi dvojicemi spekter, shlukovou analýzu a klasifikaci vzorku. Byly získány hmotnostní protein/peptidové profily umožňující rychlou a spolehlivou identifikaci druhů a typizaci kmenů.

---

Návaznosti

LC06034, projekt VaV	Název: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů
MSM0021622413, záměr	Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
MSM0021622415, záměr	Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
MSM0021622416, záměr	Název: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Diverzita biotických společenstev: kauzální analýza variability v prostoru a čase