From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks

BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks. In Proceedings of PDMC 2008 - Parallel and Distributed Methods ins VerifiCation. Budapest: Ivana Cerna and Gerald Luettgen, 2008, s. 83-96, 15 s. ISSN 1571-0661.

Základní údaje

Originální název

From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks

Název česky

Od jednoduchých regulačních motivů k ověřování komplexních transkripčních sítí

Autoři

BARNAT, Jiří (203 Česká republika), Luboš BRIM (203 Česká republika), Ivana ČERNÁ (203 Česká republika), Sven DRAŽAN (203 Česká republika) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant)

Vydání

Budapest, Proceedings of PDMC 2008 - Parallel and Distributed Methods ins VerifiCation, od s. 83-96, 15 s. 2008

Nakladatel

Ivana Cerna and Gerald Luettgen

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/08:00024175

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISSN

Klíčová slova anglicky

transcriptional networks; model checking; B. subtilis

Štítky

B. subtilis, Model checking, transcriptional networks

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

The central mechanism which drives every living cell is protein synthesis, the so-called transcription, which is realized according to the genetic code. There are complex regulatory interactions that control transcription of genes to proteins. Owing to their inherent complexity, analysis of dynamical models of such interactions requires a scalable computational approach. In this paper we employ parallel LTL model checking for a case study of selected dynamic properties of an in silico model of transcription in Bacillus subtilis, a bacterium living in soil. Moreover, we show the general fact that crucial LTL properties characterising transcriptional dynamics can be inferred from network motifs commonly studied in systems biology.

Česky

Centrálním mechanismem, jenž řídí funkčnost každého živého organismů, je syntéza proteinů, tzv. transkripce, realizovaná dle genetického kódu. Transkripce je řízena netriviálními interakcemi na biochemické bázi, které ovlivňují míru transkripce jednotlivých proteinů. Analýza dynamických aspektů transkripce na úrovni in silico modelů tudíž vyžaduje škálovatelné výpočetní metody. V tomto článku je ukázáno, jak inherentní vlastnosti transkripčních mechanismů (identifikovány prostřednictvím určitých motivů) lze analyzovat na úrovni abstraktního kvalitativního modelu prostřednictvím metody ověřování modelů. Použití metody je demonstrováno na analýze transkripce proteinů zajišťujících sporulaci bakterie Bacilus subtilis.

---

Návaznosti

MSM0021622419, záměr	Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
1ET408050503, projekt VaV	Název: Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů Investor: Akademie věd ČR, Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů
1M0545, projekt VaV	Název: Institut Teoretické Informatiky Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Institut Teoretické Informatiky