2008
Evaluation of the possible proteomic application of trypsin from Streptomyces griseus
HAVLIŠ, Jan, Tatiana ŠTOSOVÁ, Marek ŠEBELA, Pavel ŘEHULKA, Ondrej ŠEDO et. al.Základní údaje
Originální název
Evaluation of the possible proteomic application of trypsin from Streptomyces griseus
Název česky
Zjištění možných proteomických uplatnění tryspinu ze Streptomyces griseus
Autoři
HAVLIŠ, Jan (203 Česká republika, domácí), Tatiana ŠTOSOVÁ (203 Česká republika), Marek ŠEBELA (203 Česká republika, garant), Pavel ŘEHULKA (203 Česká republika), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika, domácí) a Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Analytical Biochemistry, San Diego, Academic Press, 2008, 0003-2697
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 3.088
Kód RIV
RIV/00216224:14310/08:00025879
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000255104100009
Klíčová slova anglicky
In gel digestion; MALDI TOF MS; Peptide mass fingerprinting; Protein modification; Streptomyces griseus; Trypsin
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 29. 3. 2013 09:55, Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D.
V originále
In this work, trypsin from Streptomyces griseus (SGT) was purified to homogeneity and evaluated in in-gel digestion of protein standards followed by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry analyses of the digests. The number of produced and matching tryptic peptides was higher than in the case of commonly used bovine trypsin and allowed us to obtain higher identification scores in database searches. Interestingly, SGT was found to also generate nonspecific peptides, a partial F-X, Y-X, and W-X cleavage specificity. To suppress autolysis, either arginine or arginine plus lysine residues in SGT were modified by chemical reagents. In consequence, the autolytic pattern of SGT was reduced significantly, but specific activity dropped dramatically. As demonstrated by relative quantification, SGT is more stable at 37 degs than is its bovine counterpart. We conclude that SGT represents a convenient alternative for proteomic applications involving protein digestion. Moreover, parallel digestions of sample aliquots by SGT and BT provide the possibility of combining partially different results (unique matching peptides) to improve protein identification.
Česky
V této práci byla popsána izolace a charakteriza trypsinu ze Streptomyces griseus pro použití v proteomice.
Návaznosti
| LC06034, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
|