D 2008

Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS et. al.

Základní údaje

Originální název

Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

Název česky

Sekvenace genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D: srovnání tří metod celogenomové sekvenace.

Název anglicky

Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome: comparison of three methods of whole genome sequencing.

Autoři

Vydání

Brno, XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. od s. 19-20, 2 s. 2008

Nakladatel

Masarykova univerzita

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

ISBN

978-80-210-4526-2

Klíčová slova anglicky

Treponema pallidum; CGS; pyrosequencing; Solexa; Sanger sequencing

Štítky

Změněno: 7. 4. 2010 16:47, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Kmen Samoa D (Treponema pallidum subsp. pertenue), původce onemocnění yaws, je blízce příbuzný syfilitickému kmeni Nichols (Treponema pallidum subsp. pallidum) o známé genomové sekvenci. Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Genom kmene Samoa D byl nejprve sekvencován pomocí komparativní genomové sekvenace (CGS) a pyrosekvencování (454 Life Sciences). Později byl tento genom sekvencován také metodou firmy Solexa. Jako referenční metoda pro vyhodnocení správné sekvence v místech rozdílů mezi sekvencemi a pro vyplnění mezer mezi kontigy bylo použito Sangerovo sekvencování.

Anglicky

Sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome using three whole genome sequencing methods is described.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů