2008
Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
ZOBANÍKOVÁ, Marie a David ŠMAJSZákladní údaje
Originální název
Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
Název česky
Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
Název anglicky
Three whole genome sequencing methods: the genome of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D
Autoři
ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
Vydání
52. Studentská vědecká konference LF MU. Sborník abstraktů. 2008
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14110/08:00024751
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
whole genome sequencing; Treponema pallidum subspecies pertenue
Změněno: 26. 6. 2009 14:26, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Treponema pallidum subsp. pertenue je původcem tropického kožního onemocnění yaws. Poddruh pertenue nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprintingu a microarray analýzou otevřených čtecích rámců byla ověřena i velká shoda na úrovni sekvence DNA. K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue.Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a technologií firmy Solexa (Solexa). Princip detekce CGS se od pyrosekvencování a Solexy výrazně liší, protože metoda je založena na využití hybridizace na oligonukleotidovém čipu, zatímco Solexa a pyrosekvencování využívají detekci inkorporace nukleotidu při polymerázové reakci. Kombinací sekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s dokončenou sekvencí. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů. Pro zpracování sekvencí byl použit program Lasergene.
Anglicky
Comparison of three whole genome sequencing methods was performed in determination of the genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Návaznosti
GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
MSM0021622415, záměr |
| ||
NR8967, projekt VaV |
|