a 2008

Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

ZOBANÍKOVÁ, Marie a David ŠMAJS

Základní údaje

Originální název

Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Název česky

Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Název anglicky

Three whole genome sequencing methods: the genome of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

Autoři

ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)

Vydání

52. Studentská vědecká konference LF MU. Sborník abstraktů. 2008

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14110/08:00024751

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

Klíčová slova anglicky

whole genome sequencing; Treponema pallidum subspecies pertenue

Štítky

Změněno: 26. 6. 2009 14:26, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

Treponema pallidum subsp. pertenue je původcem tropického kožního onemocnění yaws. Poddruh pertenue nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprintingu a microarray analýzou otevřených čtecích rámců byla ověřena i velká shoda na úrovni sekvence DNA. K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue.Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a technologií firmy Solexa (Solexa). Princip detekce CGS se od pyrosekvencování a Solexy výrazně liší, protože metoda je založena na využití hybridizace na oligonukleotidovém čipu, zatímco Solexa a pyrosekvencování využívají detekci inkorporace nukleotidu při polymerázové reakci. Kombinací sekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s dokončenou sekvencí. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů. Pro zpracování sekvencí byl použit program Lasergene.

Anglicky

Comparison of three whole genome sequencing methods was performed in determination of the genome sequence of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.

Návaznosti

GA310/07/0321, projekt VaV
Název: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaV
Název: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů