ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ a David ŠMAJS. Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D. In Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Název česky Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Název anglicky Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.
Autoři ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika), Darina ČEJKOVÁ (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant).
Vydání Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008.
Další údaje
Originální jazyk čeština
Typ výsledku Konferenční abstrakt
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14110/08:00024753
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky CGS; pyrosequencing; Solexa;
Štítky CGS, pyrosekvencování, Solexa
Změnil Změnila: Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D., učo 177725. Změněno: 7. 4. 2010 16:45.
Anotace
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s kompletní sekvencí. Celková délka genomu kmene Samoa D je 1 139 296 bp. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů.
Anotace anglicky
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws can not be morphologically, serologically nor immunologically distinguished from subspecies pallidum, the causative agent of venereal disease syphilis. To elucidate genetic background of the differences in clinical manifestations of both diseases, complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue was determined. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS, NimbleGen), pyrosequencing (454 Life Sciences) and Solexa sequencing technology were used. Sequences of all three methods were eventually compared to the complete genome sequence. The size of Samoa D strain genome is 1,139,296 bp. Numbers of errors were determined in cases where data from all three methods was available (tpr genes were excluded). Lasergene software was used for processing of the sequences.
Návaznosti
GA310/07/0321, projekt VaVNázev: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
Investor: Grantová agentura ČR, Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
MSM0021622415, záměrNázev: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR8967, projekt VaVNázev: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
VytisknoutZobrazeno: 29. 9. 2024 04:17