2008
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS et. al.Základní údaje
Originální název
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Název česky
Celogenomové sekvenační metody: srovnání 3 metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D.
Název anglicky
Whole genome sequencing methods: comparison of 3 methods used in the sequencing of Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D genome.
Autoři
ZOBANÍKOVÁ, Marie (203 Česká republika), Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika), Michal STROUHAL (203 Česká republika), Darina ČEJKOVÁ (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
Vydání
Tomáškovy dny 2008, sborník abstraktů. 2008
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14110/08:00024753
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
CGS; pyrosequencing; Solexa;
Štítky
Změněno: 7. 4. 2010 16:45, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.
V originále
Treponema pallidum subsp. pertenue, původce tropického kožního onemocnění yaws, nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerologického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence genomu T. pallidum subsp. pertenue. Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a metodou firmy Solexa. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s kompletní sekvencí. Celková délka genomu kmene Samoa D je 1 139 296 bp. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů.
Anglicky
Treponema pallidum ssp. pertenue, the causative agent of tropical dermal disease yaws can not be morphologically, serologically nor immunologically distinguished from subspecies pallidum, the causative agent of venereal disease syphilis. To elucidate genetic background of the differences in clinical manifestations of both diseases, complete genome sequence of T. pallidum ssp. pertenue was determined. For genome sequencing of Treponema pallidum ssp. pertenue Samoa D, comparative genome sequencing (CGS, NimbleGen), pyrosequencing (454 Life Sciences) and Solexa sequencing technology were used. Sequences of all three methods were eventually compared to the complete genome sequence. The size of Samoa D strain genome is 1,139,296 bp. Numbers of errors were determined in cases where data from all three methods was available (tpr genes were excluded). Lasergene software was used for processing of the sequences.
Návaznosti
| GA310/07/0321, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
| ||
| NR8967, projekt VaV |
|