2008
Isolation of PCR-ready DNA from lyophilisates of Trichophyton fungi and from phages of Staphylococcus aureus using magnetic microspheres
ŠPANOVÁ, Alena, Jana KAHÁNKOVÁ, Alois RYBNIKÁŘ, Daniel HORÁK, Roman PANTŮČEK et. al.Základní údaje
Originální název
Isolation of PCR-ready DNA from lyophilisates of Trichophyton fungi and from phages of Staphylococcus aureus using magnetic microspheres
Název česky
Izolace DNA v kvalitě pro PCR z lyofilizovaných vzorků Trichophyton a z bykteriofágů Staphylococcus aureus pomocí magnetických mikročástic
Autoři
ŠPANOVÁ, Alena (203 Česká republika), Jana KAHÁNKOVÁ (203 Česká republika), Alois RYBNIKÁŘ (203 Česká republika), Daniel HORÁK (203 Česká republika), Roman PANTŮČEK (203 Česká republika) a Bohuslav RITTICH (203 Česká republika, garant)
Vydání
Bruges, Belgium, 10 th International Symposium on Hyphenated Techniques in Chromatography and Hyphenated Chromatographic Analyzers & 10 th International Symposium on Advances in Extraction Techniques 2008, od s. 1 - poster, 1 s. 2008
Nakladatel
HTC-10 & Extech-10
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Belgie
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14310/08:00024801
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
fungi; Trichophyton; bacteriophages; Staphylococcus aureus; nonporous magnetic hydrophilic microspheres; P(HEMA-co-EDMA)
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 7. 1. 2009 22:51, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
V originále
The aim of this contribution was focused on the isolation of PCR-ready DNA from Trichophyton lyophilised cells (spores) and from the small volumes of Staphylococcus aureus phage lysates. Extraction of PCR-ready DNA from microscopic fungi is crucial in dermatophytes due to the presence of fungal polysaccharides and the chitinous cell wall. PCR-ready DNA isolated from crude cell lysates was repurified by magnetic carriers containing carboxyl groups on the surface. The adsorbed DNA was eluted by TE buffer. The DNA in the eluate was used as a matrix in PCR amplification. ITS4 and ITS5 primers were used for the amplification of Trichophyton DNA. The PCR-ready DNA can be isolated from lyophilisates without cultivation of cells (spores) and the influence of PCR inhibitors which are present in lyophilisation media was eliminated. The high-titre (109 particles per ml) and low-titre (103 particles per ml) phage lysates of Staphylococcus aureus bacteriophages f77 and f53 were used for sample preparation and DNA isolation. The phage lysates were treated by proteinase K. The DNA extracted using magnetic microspheres was RNA-free and multiplex PCR was used for phage DNA identification.
Česky
Cílem této práce byla izolace DNA v kvalitě vhodné pro PCR z lyophilizovaných buněk (spor) Trichophyton a z malých objemů fágových lyzátů fágů Staphylococcus aures. Extrakce DNA amplifikovatelné v PCR z mikroskopických hub je obtížná, protože dermatofyty obsahují polysacharidy a chitinovou buněčnou stěnu. DNA v kvalitě vhodné pro PCR izolovaná z buněčných lyzátů byla přečištěna pomocí magnetického nosiče pokrytého karboxylovými skupinami. Adsorbovaná DNA byla eluována do TE pufru a použita do PCR. Pro amplifikaci DNA Trichophyton byly využity primery ITS4 a ITS. DNA byla izolována z lyofilizátů bez kultivace buněk (spor) a současně byl eliminován i vliv inhibitorů PCR, přítomných v mediu. DNA v kvalitě vhodné pro PCR byla izolována s využitím magnetického nosiče i z bakteriofágů Staphylococcus aureus. Lyzáty bakteriofágů f77 a f53 byly podrobeny působení RNázy A a proteinázy K. Fágová DNA byla použita v PCR pro identifikaci fága.
Návaznosti
| GA203/05/2256, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
|