a 2008

Interactions of apoptotic proteins AIF and endonuclease G analyzed by bioinformatic predictions, molecular docking, and fluorescent microscopy

VAŘECHA, Miroslav, Michal ZIMMERMANN, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN, Michal KOZUBEK et. al.

Základní údaje

Originální název

Interactions of apoptotic proteins AIF and endonuclease G analyzed by bioinformatic predictions, molecular docking, and fluorescent microscopy

Název česky

Interakce apoptotických proteinů AIF a endonucleasa G analyzovaná pomocí bioinformatických predikcí, molekulárního dockingu a fluorescenční mikroskopií

Autoři

VAŘECHA, Miroslav (203 Česká republika, garant), Michal ZIMMERMANN (203 Česká republika), Jana AMRICHOVÁ (203 Česká republika), Vladimír ULMAN (203 Česká republika) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika)

Vydání

16th Euroconference on Apoptosis an 5th Swiss Apoptosis Meeting, 2008

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/08:00026398

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

AIF;AMID;endonuclease G;heat shock protein;cyclophilin A;CPS-6;WAH-1;colocalization;image analysis;FRET;interaction prediction;protein structure modeling;molecular docking

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 6. 2010 11:52, Mgr. Miroslav Vařecha, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

During apoptosis several mitochondrial proteins are released. Some of them participate in caspase-independent nuclear DNA degradation, especially apoptosis-inducing factor (AIF) and endonuclease G (endoG). We studied the structure, cellular localization, and interactions of several proteins in silico and in vitro using fluorescent microscopy. Bioinformatic predictions were conducted to analyze the presence of interaction sites in the studied proteins. We conducted molecular modeling of proteins with unknown 3D structure: endonuclease G, CPS-6, WAH-1, and heat shock protein 70-1. These models were then refined by MolProbity server and employed together with experimentally known 3D structures of other proteins like AIF and cyclophilin A in molecular docking simulations of interactions. Fluorescence resonance energy transfer (FRET) technique and consequent image analysis was used to evaluate the interactions of fluorescently labeled proteins in cells. Our results represent new information about the structure, cellular localization, and interactions of several proteins involved in caspase-independent apoptotic death. This work was supported by The Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech Republic (projects number MSM0021622419, 2B06052, and LC535).

Česky

Interakce apoptotických proteinů AIF a endonucleasa G analyzovaná pomocí bioinformatických predikcí, molekulárního dockingu a fluorescenční mikroskopií.

Návaznosti

LC535, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr
Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
2B06052, projekt VaV
Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů