2008
Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids
SVOZIL, Daniel, Judit SPONER, Ivan MARCHAN, Alberto PEREZ, Thomas CHEATHAM et. al.Základní údaje
Originální název
Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids
Název česky
Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.
Autoři
SVOZIL, Daniel (203 Česká republika), Judit SPONER (348 Maďarsko), Ivan MARCHAN (724 Španělsko), Alberto PEREZ (724 Španělsko), Thomas CHEATHAM (840 Spojené státy), Ferda FORTI (724 Španělsko), Javier LUQUE (724 Španělsko), Modesto OROZCO (724 Španělsko) a Jiri SPONER (203 Česká republika, garant)
Vydání
Journal of Physical Chemistry B, 2008, 1520-6106
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10610 Biophysics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 4.189
Kód RIV
RIV/00216224:14310/08:00026550
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000257335200031
Klíčová slova anglicky
Molecular dynamics; force field; quantum chemistry; nucleic acids
Změněno: 24. 6. 2009 10:38, prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
V originále
Quantum chemistry was used to describe alpha/gamma energetics and to access Amber force field parm99 and parmbsc0. This was tested on two models systems: SPM consisting of a sugar and methyl group linked through a phosphodiester bond and SPSOM consisting of two deoxyribose residues (without the bases) connected via a phosphodiester bond. A comparison of the ab initio data with the ff99 potential energy surface clearly reveals an incorrect ff99 force-field description in the regions where the gamma torsion is in the trans conformation.
Česky
Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající se z cukru a methylové skupiny připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající se z dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab intio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region kde gama torze je v trans konformaci.
Návaznosti
| MSM0021622413, záměr |
|