2008
The study on the FnrP, NNR and NarR transcription regulator function in bacterium Paracoccus denitrificans at global proteome level
BOUCHAL, Pavel, Tereza VYHLÍDALOVÁ, Iva STRUHÁROVÁ, Ondrej ŠEDO, Zbyněk ZDRÁHAL et. al.Základní údaje
Originální název
The study on the FnrP, NNR and NarR transcription regulator function in bacterium Paracoccus denitrificans at global proteome level
Název česky
Studium funkce transkripčních regulátorů FnrP, NNR a NarR u bakterie Paracoccus denitrificans na globální proteomové úrovni
Autoři
BOUCHAL, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Tereza VYHLÍDALOVÁ (203 Česká republika), Iva STRUHÁROVÁ (203 Česká republika, domácí), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika, domácí), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika, domácí), Willem REIJNDERS (528 Nizozemské království), Rob VAN SPANNING (528 Nizozemské království) a Igor KUČERA (203 Česká republika, domácí)
Vydání
8th Siena Meeting: From Genome To Proteome: Integration and Proteome Completion. 2008
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Itálie
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/08:00025023
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
Paracoccus denitrificans; transcription regulation; metabolic adaptation; proteomics
Příznaky
Mezinárodní význam
Změněno: 29. 4. 2011 12:01, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
Paracoccus denitrificans is a non-fermentative, facultatively autotrophic soil bacterium often studied in the field of bioenergetics. In this work, we aimed to analyze the role of three known transcription regulators FnrP, NNR and NarR (with described role as sensors for oxygen and for intermediates of denitrification pathway) in these adaptation processes in P. denitrificans at global proteome level. We analyzed protein composition of four P. denitrificans strains: wild type, FnrP-, NNR- and NarR- mutants grown aerobically, semiaerobically and semiaerobically with nitrate. Total cell lysate proteins were separated using 2-D PAGE, 36 gels in experiment were statistically evaluated and ca. 500 protein spots were analyzed using MALDI-MS/MS and LC-MS/MS. While expected induction of key enzymes involved in denitrification (nitrate reductase, nitrite reductase and N2O reductase) was confirmed, additional proteins were recognized to be modulated by the oxygen and nitrate concentration in growth medium with effects of mutations in fnrP, nnr and narR genes on their expression. Analysis of gene clusters containing up-/down regulated protein genes revealed new interesting relationships between growth conditions, transcription regulators activity and gene expression. These relationships are presented and the range of all three fnr-type transcription regulators action at the global proteome level is discussed.
Česky
Paracoccus denitrificans patří mezi fakultativně autotrofní půdní bakterie často studované na poli bioenergetiky. V prezentované práci jsme se zaměřili na studium funkce tří známých transkripčních regulátorů FnrP, NNR and NarR, které mimo jiné pracují jako senzory pro kyslík, substráty a intermediáty denitrifikační dráhy v procesech adaptace P. denitrificans na změny vnějších podmínek. Proteinové složení čtyř kmenů P. denitrificans (divoký kmen a dále mutantní kmeny FnrP-, NNR- and NarR-) rostlých za třech růstových podmínek jsme analyzovali pomocí proteomických technik. Bylo detekováno a identifikováno přes 500 proteinů. Zatímco známé změny indukce klíčových denitrifikačních enzymů byly potvrzeny, nové proteiny modulované koncentrací kyslíku a s vlivem regulačních proteinů na jejich expresi byly detekovány. Soubor těchto genů je prezentován a souvislosti mezi růstovými podmínkami, úlohou regulačních proteinů a genovou expresí jsou diskutovány.
Návaznosti
| GP203/07/P471, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
| ||
| MSM0021622415, záměr |
|