2008
The ways leading to identification of potential biomarkers in SELDI-TOF MS based proteomic studies
BOUCHAL, Pavel, Lenka HERNYCHOVÁ, Monika MUDROCHOVÁ, Kristýna BROŽKOVÁ, Jarmila SOBOTKOVÁ et. al.Základní údaje
Originální název
The ways leading to identification of potential biomarkers in SELDI-TOF MS based proteomic studies
Název česky
Způsoby identifikace potenciálních biomarkerů detekovaných v proteomických studiích na bázi SELDI-TOF MS
Autoři
BOUCHAL, Pavel, Lenka HERNYCHOVÁ, Monika MUDROCHOVÁ, Kristýna BROŽKOVÁ, Jarmila SOBOTKOVÁ, Spiros D. GARBIS, Petr NOVÁK, Rostislav VYZULA, Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK
Vydání
Siena, Italy, 8th Siena Meeting: From Genome To Proteome: Integration and Proteome Completion. s. 153-153, 2008
Nakladatel
The University of Siena
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Itálie
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
SELDI-TOF MS; biomarkers; protein isolation and identification; mass spectrometry
Změněno: 13. 11. 2008 18:19, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
SELDI-TOF MS is a protein profiling method often used in clinical proteomics for screening and biomarker discovery. Our effort in last year has been focused on identification of proteins of interest in projects based on SELDI analyses of rat plasma and breast tissue using high resolution mass spectrometry. Contributions of a panel of protein separation and/or identification method like tricine SDS-PAGE, 2-D PAGE, LC-MS/MS, FT-ICR, iTRAQ-2DLC-MS/MS for the biomarker identification in SELDI studies will be presented. As a result of these experiences, we have developed a method combining IMAC column preseparation, reverse phase LC, SELDI protein profiling, tricine SDS-PAGE, protein profile matching and MS/MS identification. Using this approach, we have identified several proteins potentially related to breast cancer development and cytostatic agens action.
Česky
SELDI-TOF MS je metoda proteinového profilování často používaná v klinické proteomice pro screening a vyhledávání biomarkerů. Naše úsilí v posledním roce bylo zaměřeno na identifikaci potenciálních markerových proteinů detekovaných v SELDI studicích potkaní plazmy a tkáně karcinomu prsu pomocí vysokorozlišovací hmotnostní spektrometrie. V rámci prezentace je srovnáván přínos následujících metod pro separaci a identifikaci proteinů: tricinová elektroforéza, dvourozměrná gelová elektroforéza, LC-MS/MS, FT-ICR a iTRAQ-2DLC-MS/MS pro identifikaci proteinů v SLEDI studiích. Na základě prezentovaných zkušeností jsme vyvinuli vlastní protokol zalkožený na kombinaci následujících metod: preseparace na IMAC kolonkách, reverzně fázová kapalinová chromatografie, SELDI profilování, tricinová elektroforéza a MS/MS identifikace proteinů. Pomocí tohoto přístupu jsme identifikovali několik proteinů potenciálně souvisejících s procesy vzniku a vývoje nádorů a účinku cytostatik.
Návaznosti
| MZ0MOU2005, záměr |
|