2008
Effect of Counter Ions on Cross-Correlated Relaxation Rates in Nucleic Acids
TRANTÍREK, Lukáš, Vladimír SKLENÁŘ a Radovan FIALAZákladní údaje
Originální název
Effect of Counter Ions on Cross-Correlated Relaxation Rates in Nucleic Acids
Název česky
Vliv protiiontů na kroskorelované relaxační rychlosti v nukleových kyselinách
Autoři
TRANTÍREK, Lukáš, Vladimír SKLENÁŘ a Radovan FIALA
Vydání
San Diego, XXIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems, s. 117-117, 2008
Nakladatel
ICMRBS
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10610 Biophysics
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
NMR; nucleic acids;structure;dynamics
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam
Změněno: 21. 1. 2009 11:40, doc. RNDr. Radovan Fiala, CSc.
V originále
Studies of biomolecular structure and dynamics based on relaxation rates and induced chemical shifts generally assume that the chemical shift tensors for a particular type of nucleus are constant and independent of experimental conditions. We tested the validity of the assumption for different counterion types and ionic strengths in an extraordinary stable DNA hairpin d(GCGAAGC)by measuring cross-correlated relaxation rates between the 13C chemical shift tensor and the 1H-13C dipole-dipole interaction of protonated base carbons. The results indicate that the type of the counter-ion strongly influences the magnitude as well as the orientation of the chemical shielding tensors in nucleic acid bases. A proper and physically meaningful interpretation of NMR observables reflecting chemical shielding anisotropy and/or chemical shielding tensor orientation should therefore account for the composition of the NMR buffer.
Česky
Studium struktury a dynamiky biomolekul založené na NMR relaxačních rychlostech a indukovaných chemických posunech všeobecně předpokládá, že tenzory chemického stínění jsou pro daný typ atomu konstantní a nezávislé na experimentálních podmínkách. Ověřovali jsme platnost tohoto předpokladu pro různé typy a koncentrace protiiontů u mimořádně stabilní DNA smyčky d(GCGAAGC) pomocí měření kroskorelovaných relaxačních rachlostí mezi CSA C-13 a dipolární interakcí H1-C13 u protonovaných uhlíků v bázích. Výsledky ukazují, že typ protiiontu významně ovlivňuje velikost a orientaci tenzoru chemického stínění C-13 v bázích. Fyzikálně správná interpretace NMR parametrů závisejících na velikosti nebo orientaci tenzoru chemického stínění by proto měla brát v úvahu složení pufru.
Návaznosti
| LC06030, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622413, záměr |
|