2009
Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling
ŠIMARA, Pavel, Irena KOUTNÁ, Stanislav STEJSKAL, Petr KRONTORÁD, Zdeněk RUČKA et. al.Základní údaje
Originální název
Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling
Název česky
Kombinace mRNA a proteinové microarray analýzy v komplexním profilování buněk
Autoři
ŠIMARA, Pavel (203 Česká republika, domácí), Irena KOUTNÁ (203 Česká republika, garant, domácí), Stanislav STEJSKAL (203 Česká republika, domácí), Petr KRONTORÁD (203 Česká republika, domácí), Zdeněk RUČKA (203 Česká republika, domácí), Martina PETERKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Neoplasma, Bratislava, Slovensko, AEPress, s.r.o. 2009, 0028-2685
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10601 Cell biology
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 1.192
Kód RIV
RIV/00216224:14330/09:00034277
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
UT WoS
000263775100010
Klíčová slova anglicky
microarray; cell profiling; protein expression; mRNA expression; HL-60
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 3. 2018 09:49, Mgr. Pavel Šimara, Ph.D.
V originále
This study combines mRNA and protein analysis using cDNA and antibody microarray techniques, respectively. These create a novel, integrated perspective into cellular molecular profiles. The aims of this study were to establish a reliable way of integrating these two approaches in order to obtain complex molecular profiles of the cell and to find suitable methods to normalize the data obtained using these approaches. Antibody microarray and cDNA microarray techniques were used to study expression alterations in HL-60 cells that were differentiated into granulocytes using all-trans retinoic acid (ATRA). We selected this model to evaluate this combined profiling technique because the expression levels of most of the mRNA and protein species in these cells are not altered; therefore it is easier to track and define those species that are changed. The proteins whose levels were altered included cmyc, c-jun, Pyk2, FAK, PKC, TRF1, NF-kappaB and certain caspase types. These proteins are involved in apoptosis and hematopoietic differentiation pathways, and some have also been reported to have oncogenic potential. We compared the results obtained using the two methods, verified them by immunoblotting analysis, and devised normalization approaches. This is one of the first demonstrations that a combination of antibody microarray and cDNA microarray techniques is required for complex molecular profiling of cells based on multiple parameters. This approach allows a more detailed molecular phenotype of the given sample to be obtained. The results obtained using a combination of the two profiling methods are consistent with those from previous studies that used more traditional methods.
Česky
Tato studie kombinuje mRNA a proteinovou analýzu za využití cDNA microarrays a protilátkových microarrays. Integrací těchto dvou technologií získáváme komplexní pohled na buněčný molekulární profil. Studie byla provedena na leukemické buněčné linii HL-60, která diferencovala do granulocytárního stádia po přidání kyseliny retinové (ATRA). Tato buněčná linie tedy slouží jako in-vitro model hematopoezy. Pozorovali jsme změnu hladiny určitých proteinů, účastnících se zejména diferenciačních a apoptických signálních drah, často s onkogenetickým potenciálem. Hladina mRNA vždy neodpovídala hladině exprimovaného proteinu.
Návaznosti
| MSM0021622430, záměr |
| ||
| 2B06052, projekt VaV |
|