Segmentation of Touching Cell Nuclei using a Two-Stage Graph Cut Model

DANĚK, Ondřej, Pavel MATULA, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. Segmentation of Touching Cell Nuclei using a Two-Stage Graph Cut Model. In 16th Scandinavian Conference on Image Analysis. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2009, s. 410-419. ISBN 978-3-642-02229-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-02230-2_42.

Základní údaje

Originální název

Segmentation of Touching Cell Nuclei using a Two-Stage Graph Cut Model

Název česky

Segmentace dotýkajících se buněčných jader pomocí dvou fázové metody založené na hledání minimálního řezu v grafu

Autoři

DANĚK, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí), Pavel MATULA (203 Česká republika, domácí), Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO (724 Španělsko), Arrate MUÑOZ-BARRUTIA (724 Španělsko), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Berlin, Heidelberg, 16th Scandinavian Conference on Image Analysis, od s. 410-419, 10 s. 2009

Nakladatel

Springer-Verlag

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/09:00067107

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-642-02229-6

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-02230-2_42

UT WoS

000268661000042

Klíčová slova anglicky

image segmentation; cell nuclei cluster separation; graph cuts; energy minimization

Štítky

cbia-web, cell nuclei cluster separation, Energy Minimization, graph cuts, image segmentation

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Methods based on combinatorial graph cut algorithms received a lot of attention in the recent years for their robustness as well as reasonable computational demands. These methods are built upon an underlying maximum a posteriori estimation of Markov random fields and are suitable to solve accurately many different problems in image analysis, including image segmentation. In this paper we propose a two-stage graph cut based model for segmentation of touching cell nuclei in fluorescence microscopy images. In the first stage voxels with very high probability of being foreground or background are found and separated by a boundary with a minimal geodesic length. In the second stage the obtained clusters are split into isolated cells by combining image gradient information and incorporated a priori knowledge about the shape of the nuclei. Moreover, these two qualities can be easily balanced using a single user parameter. Preliminary tests on real data show promising results of the method.

Česky

Článek pojednává o segmentaci dotýkajících se buněčných jader pomocí dvou fázové metody založené na hledání minimálního řezu v grafu.

---

Návaznosti

LC535, projekt VaV	Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr	Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
2B06052, projekt VaV	Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů