A Two-Phase Segmentation of Cell Nuclei Using Fast Level Set-Like Algorithms

MAŠKA, Martin, Ondřej DANĚK, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Ignacio FERNÁNDEZ GARCÍA. A Two-Phase Segmentation of Cell Nuclei Using Fast Level Set-Like Algorithms. Online. In 16th Scandinavian Conference on Image Analysis. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2009, s. 390-399. ISBN 978-3-642-02229-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-02230-2_40.

Základní údaje

Originální název

A Two-Phase Segmentation of Cell Nuclei Using Fast Level Set-Like Algorithms

Název česky

Dvoukroková segmentace buněčných jader pomocí rychlých Level Set algoritmů

Autoři

MAŠKA, Martin (203 Česká republika, garant, domácí), Ondřej DANĚK (203 Česká republika, domácí), Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO (724 Španělsko), Arrate MUÑOZ-BARRUTIA (724 Španělsko), Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí) a Ignacio FERNÁNDEZ GARCÍA (724 Španělsko)

Vydání

Berlin, Heidelberg, 16th Scandinavian Conference on Image Analysis, od s. 390-399, 10 s. 2009

Nakladatel

Springer-Verlag

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/09:00067108

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-642-02229-6

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-02230-2_40

UT WoS

000268661000040

Klíčová slova anglicky

nucleus segmentation; touching nuclei; level set framework; contour evolution; topology preservation

Štítky

cbia-web, contour evolution, level set framework, nucleus segmentation, topology preservation, touching nuclei

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

An accurate localization of a cell nucleus boundary is inevitable for any further quantitative analysis of various subnuclear structures within the cell nucleus. In this paper, we present a novel approach to the cell nucleus segmentation in fluorescence microscope images exploiting the level set framework. The proposed method works in two phases. In the first phase, the image foreground is separated from the background using a fast level set-like algorithm by Nilsson and Heyden (2003). A binary mask of isolated cell nuclei as well as their clusters is obtained as a result of the first phase. A fast topology-preserving level set-like algorithm by Maška and Matula (2008) is applied in the second phase to delineate individual cell nuclei within the clusters. The potential of the new method is demonstrated on images of DAPI-stained nuclei of a lung cancer cell line A549 and promyelocytic leukemia cell line HL60.

Česky

Článek pojednává o dvoukrokové segmentaci buněčných jader pomocí rychlých Level Set algoritmů

---

Návaznosti

LC535, projekt VaV	Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622419, záměr	Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
2B06052, projekt VaV	Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů