Microarray analysis using limited amount of cells

PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Michal KOZUBEK, Viera HRABČÁKOVÁ, Martin KLABUSAY, Michael DOUBEK a Jiří MAYER. Microarray analysis using limited amount of cells. Folia Biologica (Praha). 2009, roč. 2009, č. 55, s. 53-60. ISSN 0015-5500.

Základní údaje

Originální název

Microarray analysis using limited amount of cells

Název česky

Microarray analýza u limitujícího množství buněk

Autoři

PETERKOVÁ, Martina (203 Česká republika), Irena KOUTNÁ (203 Česká republika, garant), Lenka TESAŘOVÁ (203 Česká republika), Michaela POTĚŠILOVÁ (203 Česká republika), Michal KOZUBEK (203 Česká republika), Viera HRABČÁKOVÁ (203 Česká republika), Martin KLABUSAY (203 Česká republika), Michael DOUBEK (203 Česká republika) a Jiří MAYER (203 Česká republika)

Vydání

Folia Biologica (Praha), 2009, 0015-5500

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 0.924

Kód RIV

RIV/00216224:14330/09:00034548

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

UT WoS

000265765100004

Klíčová slova anglicky

cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells

Štítky

cbia-web, CD34+ cells, cDNA microarray, RNA amplifiacation, RNA isolation

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

cDNA microarray technology is widely used in various biological and medical disciplines to determine gene expression profiles. Unfortunately, this technology requires a large quantity of input RNA. Since there is an increasing need to more precisely analyze defined cell sub-populations with low cell counts, working protocols using a minimal number of input cells are needed. Optimal RNA isolation and its accurate amplification are crucial to the success of these protocols. The HL60 cell line was used in the search for a suitable protocol that can be used for clinical samples of CD34+ hematopoietic cells obtained from bone marrow. The goal was to discover the best method of isolating and amplifying RNA from a small number of cells. Our evaluation of various methods and kits available in the market revealed that the combination of RNAqueous Kit (Ambion, USA) for RNA isolation and the SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA) for one-round RNA amplification produced the best results. This article presents a verified protocol describing a reliable and reproducible method for producing enough input RNA for microarray experiments when the number of cells is limited.

Česky

cDNA microarray technologie je hojně využívaná v různých biologických a medicínských oborech ke stanovování genových expresních profilů. Tato technika bohužel vyžaduje velké množství vstupní RNA. Je stále větší potřeba analyzovat malé buněčné subpopulace. Proto je nutné mít k dispozici podrobný protokol pro zpracování minimálního množství buněk. Optimální izolace RNA a následná přesná amplifikace jsou klíčovými kroky pro vytvoření úspěšného protokolu. Nejprve byla celá metodika testována na buněčné linii HL60 a pak aplikována na klinické vzorky CD34+ buněk z kostní dřeně. Cílem bylo navrhnout nejlepší metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Po vyhodnocení různých metod a kitů jsmme vybrali RNAqueous Kit (Ambion, USA) pro RNA izolaci a SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA)pro jednokolovou amplifikaci RNA. Tento článek popisuje reproducibilní metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitujícího množství buněk.

---

Návaznosti

LC535, projekt VaV	Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
MSM0021622430, záměr	Název: Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie
2B06052, projekt VaV	Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů