Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice
lymfomů

D 2008

Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů

JANÍKOVÁ, Andrea; Boris TICHÝ; Kateřina STAŇO KOZUBÍK; Jana ŠUPÍKOVÁ; Jiří MAYER et al.

Základní údaje

Originální název

Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů

Autoři

JANÍKOVÁ, Andrea; Boris TICHÝ ; Kateřina STAŇO KOZUBÍK; Jana ŠUPÍKOVÁ; Jiří MAYER; Ingrid VÁŠOVÁ; Zdeněk KRÁL a Šárka POSPÍŠILOVÁ

Vydání

Transfuze a hematologie dnes 2008; 14: (Suppl 2) 11, s. 11-11, 2008

Nakladatel

XV. Česko-slovenský hematologický a transfuziologický sjezd 2008

Další údaje

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

ISSN

Příznaky

Recenzováno

Změněno: 29. 1. 2009 10:02, doc. MUDr. Andrea Janíková, Ph.D.

Anotace

V originále

ÚVOD: Ne-Hodgkinské lymfomy (NHL) tvoří heterogenní skupinu onemocnění s odlišným biologickým chováním, prognózou a citlivostí k terapii. Vyšetření profilu genové exprese technologií DNA čipů má potenciál nahlédnout do jejich molekulární podstaty a tak optimalizovat diagnostiku i léčbu. Cílem práce bylo ověřit význam DNA čipů v diagnostice vybraných lymfoproliferací. METODY: Vzorky byly získány od pacientů s NHL v rámci diagnostických biopsií s okamžitým zamražením reprezentativní části po makroskopickém zhodnocení patologem. RNA extrahovaná ze vzorků byla lineárně amplifikována, fluorescenčně označena a hybridizována na speciální DNA čipy složené ze sond pro asi 3000 vybraných genů. VÝSLEDKY: Celkem bylo odebráno (od 01/06 do 03/08) 130 histologicky ověřených NHL. RNA byla izolována u 62 vybraných vzorků, přičemž kvalitní RNA byla získána jen v 40/62 (65%) případech. Profil genové exprese byl vyšetřen u 38 vzorků: 19 folikulárních lymfomů (FL), 2 transformovaných FL (tFL/DLBCL), 12 difuzních velkobuněčných B-lymfomů (DLBCL), 4 Burkittových lymfomů (BL)a 1 periferního T-lymfomu. Expresní profily FL se výrazně lišily od profilů DLBCL a BL (především v genech typicky exprimovaných T-lymfocyty a genech řízení buněčného cyklu). FL a tFL tvořily homogenní skupinu, která se odlišovala od profilů DLBCL. Profil BL je velmi dobře odlišitelný od DLBCL na základě exprese menšího počtu genů. ZÁVĚRY: DNA čipy mají potenciál poměrně spolehlivě rozlišit uvedené typy NHL a tím pomoci v diferenciální diagnostice. Charakteristickým rysem agresivních lymfomů byla nižší exprese T-lymfocytárních genů, což může být dáno nižším podílem T-lymfocytů. Pro použití DNA čipů je kritická kvalita vzorku (RNA), která negativně ovlivněna prodlevou mezi odběrem a zpracováním vzorku.

Citovat

JANÍKOVÁ, Andrea; Boris TICHÝ; Kateřina STAŇO KOZUBÍK; Jana ŠUPÍKOVÁ; Jiří MAYER; Ingrid VÁŠOVÁ; Zdeněk KRÁL a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů. In Transfuze a hematologie dnes 2008; 14: (Suppl 2) 11. XV. Česko-slovenský hematologický a transfuziologický sjezd 2008, 2008, s. 11. ISSN 1213-5763.

@inproceedings{817166,
   author = {Janíková, Andrea and Tichý, Boris and Staňo Kozubík, Kateřina and Šupíková, Jana and Mayer, Jiří and Vášová, Ingrid and Král, Zdeněk and Pospíšilová, Šárka},
   booktitle = {Transfuze a hematologie dnes 2008; 14: (Suppl 2) 11},
   pages = {11-11},
   publisher = {XV. Česko-slovenský hematologický a transfuziologický sjezd 2008},
   title = {Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů},
   year = {2008}
}

TY  - CONF
ID  - 817166
AU  - Janíková, Andrea - Tichý, Boris - Staňo Kozubík, Kateřina - Šupíková, Jana - Mayer, Jiří - Vášová, Ingrid - Král, Zdeněk - Pospíšilová, Šárka
PY  - 2008
TI  - Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů
PB  - XV. Česko-slovenský hematologický a transfuziologický sjezd 2008
N2  - ÚVOD: Ne-Hodgkinské lymfomy (NHL) tvoří heterogenní skupinu onemocnění s odlišným biologickým chováním, prognózou a citlivostí k terapii. Vyšetření profilu genové exprese technologií DNA čipů má potenciál nahlédnout do jejich molekulární podstaty a tak optimalizovat diagnostiku i léčbu. Cílem práce bylo ověřit význam DNA čipů v diagnostice vybraných lymfoproliferací. METODY: Vzorky byly získány od pacientů s NHL v rámci diagnostických biopsií s okamžitým zamražením reprezentativní části po makroskopickém zhodnocení patologem. RNA extrahovaná ze vzorků byla lineárně amplifikována, fluorescenčně označena a hybridizována na speciální DNA čipy složené ze sond pro asi 3000 vybraných genů. VÝSLEDKY: Celkem bylo odebráno (od 01/06 do 03/08) 130 histologicky ověřených NHL. RNA byla izolována u 62 vybraných vzorků, přičemž kvalitní RNA byla získána jen v 40/62 (65%) případech. Profil genové exprese byl vyšetřen u 38 vzorků: 19 folikulárních lymfomů (FL), 2 transformovaných FL (tFL/DLBCL), 12 difuzních velkobuněčných B-lymfomů (DLBCL), 4 Burkittových lymfomů (BL)a 1 periferního T-lymfomu. Expresní profily FL se výrazně lišily od profilů DLBCL a BL (především v genech typicky exprimovaných T-lymfocyty a genech řízení buněčného cyklu). FL a tFL tvořily homogenní skupinu, která se odlišovala od profilů DLBCL. Profil BL je velmi dobře odlišitelný od DLBCL na základě exprese menšího počtu genů. ZÁVĚRY: DNA čipy mají potenciál poměrně spolehlivě rozlišit uvedené typy NHL a tím pomoci v diferenciální diagnostice. Charakteristickým rysem agresivních lymfomů byla nižší exprese T-lymfocytárních genů, což může být dáno nižším podílem T-lymfocytů. Pro použití DNA čipů je kritická kvalita vzorku (RNA), která negativně ovlivněna prodlevou mezi odběrem a zpracováním vzorku.
ER  -

JANÍKOVÁ, Andrea; Boris TICHÝ; Kateřina STAŇO KOZUBÍK; Jana ŠUPÍKOVÁ; Jiří MAYER; Ingrid VÁŠOVÁ; Zdeněk KRÁL a Šárka POSPÍŠILOVÁ. Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů. In \textit{Transfuze a hematologie dnes 2008; 14: (Suppl 2) 11}. XV. Česko-slovenský hematologický a transfuziologický sjezd 2008, 2008, s.~11. ISSN~1213-5763.

Přehled o publikaci