2009
Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry
SVOBODA, David, Michal KOZUBEK a Stanislav STEJSKALZákladní údaje
Originální název
Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry
Název česky
Generování digitálních fantomů buněčných jader a simulace tvorby obrazu v 3D obrazové cytometrii
Autoři
SVOBODA, David (203 Česká republika, garant, domácí), Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí) a Stanislav STEJSKAL (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Cytometry Part A, John Wiley & Sons, Inc. 2009, 1552-4922
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 3.032
Kód RIV
RIV/00216224:14330/09:00034932
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
UT WoS
000266470100003
Klíčová slova anglicky
digital phantom; synthetic image; procedural texture; point spread function; fluorescence optical microscope; 3D image cytometry
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 19. 12. 2016 17:46, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
V originále
Image cytometry still faces the problem of the quality of cell image analysis results. Degradations caused by cell preparation, optics and electronics considerably affect most 2D and 3D cell image data acquired using optical microscopy. That is why image processing algorithms applied to these data typically offer imprecise and unreliable results. We have created a toolbox that can generate 3D digital phantoms of specific cellular components along with their corresponding images degraded by specific optics and electronics. The user can then apply image analysis methods to such simulated image data. The analysis results can be compared with ground truth derived from input object digital phantoms. In this way, image analysis methods can be compared to each other and their quality can be computed. We have also evaluated the plausibility of the synthetic images, measured by their similarity to real image data.
Česky
V obrazové cytometrii se denně setkáváme s problémem kvality snímků buněk a zejména s problémem kvality analyzačních metod. Jedním ze způsobů měření kvality těchto metod je využití tzv. fantomů. V tomto článku je popsán postup, jakým způsobem vygenerovat digiální fantomy pro specifické druhy biomedicínských dat. Dále se zde také popsána simulace průchodu obrazu takového fantomu optickou soustavou a simulace snímání. Celkově je zde definován popis, jakým způsobem je možné generovat umělá obrazová data. Součástí textu je také měření kvality takto vygenerovaných dat a jejich srovnání s původními realnými obrazovými daty.
Návaznosti
| LC535, projekt VaV |
| ||
| 2B06052, projekt VaV |
|