A 2009

Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE

POTĚŠIL, David, Ludmila ROČŇOVÁ, Soňa ČEJKOVÁ, Martin TRBUŠEK, Zbyněk ZDRÁHAL et. al.

Základní údaje

Originální název

Biomarker discovery - Detection of minor protein concentration changes using ICPL protein labeling and 2D GE

Název česky

Objev biomarkeru - Detekce minimálních změn v proteinových koncentracích s využitím ICPL proteinového značení a 2D GE

Autoři

POTĚŠIL, David (203 Česká republika, garant), Ludmila ROČŇOVÁ (203 Česká republika), Soňa ČEJKOVÁ (203 Česká republika), Martin TRBUŠEK (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Jan HAVLIŠ (203 Česká republika)

Vydání

2009

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Audiovizuální tvorba

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Rakousko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14310/09:00035066

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

Biomarkers;MS/MS;Liquid Chromatography;Two Dimensional Gel Electrophoresis;Proteomics;Quantitative Analysis;ICPL labeling

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 18. 2. 2009 15:51, Mgr. David Potěšil, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Determination of low quantitative changes in protein expression is still a challenging task due to variability in both, biological sample preparation and analytical procedure. At first we did 2D GE experiments were we tested variability in protein spots introduced during the cell lysis. The percentage of qualitatively and quantitatively different spots was about 0.5 % and 2.5 %, respectively. To determine the protein concentration differences bewteen two samples we utilized protein labeling by ICPL. It was found to be precise (RSD approx. 5 %). Moreover the results obtained by different approaches are comparable.

Česky

Stanovení nízkých kvantitativních změn v proteinové expresy je stále nesnadný úkol. Důvodem je mimo jiné variabilita vnesená při přípravě vzorku. Byly provedeny 2D GE experimenty, kde byla testována variabilita v proteinových spotech vnesená v průběhu buněčné lyze. Procenta kvalitativně a kvantitativně rozdílných spotů byla okolo 0,5 % a 2,5 %. Ke stanovení poměru koncentrací proteinů ve dvou vzorcích bylo použito ICPL značení. Bylo zjištěno, že jde o přesnou metodu (RSD přibližně 5 %) a výsledky získané po různém zpracováním vzorku jsou porovnatelné.

Návaznosti

MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
MSM0021622415, záměr
Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
NR9301, projekt VaV
Název: Senzitivizace B-CLL buněk na cytostatika prostřednictvím monoklonální protilátky rituximab - identifikace zodpovědných proteinů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Senzitivizace B-CLL buněk na cytostatika prostřednictvím monoklonální protilátky rituximab - identifikace zodpovědných proteinů