2009
On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking
BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ et. al.Základní údaje
Originální název
On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking
Název česky
Algoritmická analýza transkripční regulace s využitím metody ověřování modelů
Autoři
BARNAT, Jiří (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Ivana ČERNÁ (203 Česká republika, domácí), Sven DRAŽAN (203 Česká republika, domácí), Jana FABRIKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí)
Vydání
Theoretical Computer Science, 2009, 0304-3975
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 0.943
Kód RIV
RIV/00216224:14330/09:00029225
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
UT WoS
000268921500007
Klíčová slova anglicky
Genetic regulatory network; Piecewise-linear approximation; Model checking
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 2. 2011 09:33, prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
V originále
This paper is focused on the model checking approach for analysis of piecewise-linear deterministic models of genetic regulatory networks. Firstly, the qualitative simulation algorithm of de Jong et.al. that builds the heart of Genetic Network Analyzer (GNA) is revisited and its time complexity is studied in detail. Secondly, a novel algorithm that reduces the state space generation time is introduced. The new algorithm is developed as an abstraction of the original GNA algorithm. Finally, a fragment of linear time temporal logic for which the provided abstraction is conservative is identified. Efficiency of the new algorithm when implemented in the parallel model checking environment is demonstrated on a set of experiments performed on randomly modified biological models. In general, the achieved results bring a new insight into the field of qualitative simulation emerging in the context of systems biology.
Česky
Článek přináší výsledek v oblasti algoritmické analýzy modelů dynamiky genetických regulačních sítí. Z teoretického hlediska je analyzována (exponenciální) složitost výpočtu de Jongova algoritmu pro kvalitativní analýzu genetických regulačních sítí prostřednictvím metody ověřování modelů. Na základě této analýzy je navržena abstrakce snižující třídu exponenciality časové složitosti výpočtu. V článku je rovněž identifikován fragment lineární temporální logiky, pro nějž je navrhovaná abstrakce systému konzervativní. V praktické části článku jsou prezentovány experimenty na nichž je porovnána původní verze algoritmu s verzí abstrahovanou.
Návaznosti
| GA201/09/1389, projekt VaV |
| ||
| MSM0021622419, záměr |
|