J 2009

MSMAD: a computationally efficient method for the analysis of noisy array CGH data

BUDINSKÁ, Eva, Eva GELNAROVÁ a Michael G. SCHIMEK

Základní údaje

Originální název

MSMAD: a computationally efficient method for the analysis of noisy array CGH data

Název česky

MSMAD: výpočetně efektivní metoda pro analýzu dat arrayCGH

Autoři

BUDINSKÁ, Eva (703 Slovensko, garant), Eva GELNAROVÁ (203 Česká republika) a Michael G. SCHIMEK (40 Rakousko)

Vydání

Bioinformatics, Oxford University Press, 2009, 1367-4803

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 4.926

Kód RIV

RIV/00216224:14110/09:00035237

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

UT WoS

000264189600002

Klíčová slova anglicky

MSMAD; microarray; arrayCGH; median absolute deviation; median smoothing

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 19. 3. 2009 14:17, Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

Genome analysis has become one of the most important tools for understanding the complex process of cancerogenesis. With increasing resolution of CGH arrays, the demand for computationally efficient algorithms arises, which are effective in the detection of aberrations even in very noisy data. We developed a rather simple, non-parametric technique of high computational efficiency for CGH array analysis that adopts a median absolute deviation concept for breakpoint detection, comprising median smoothing for pre-processing. The resulting algorithm has the potential to outperform any single smoothing approach as well as several recently proposed segmentation techniques. We show its performance through the application of simulated and real datasets in comparison to three other methods for array CGH analysis.

Česky

Vyvinuli jsme efektivní metodu analýzy dat arrayCGH arrayí, vuyžívající koncept mediánového vyhlazování a absolutní mediánové odchýlky.

Návaznosti

NR9076, projekt VaV
Název: Genomické profilování v predikci odpovědi na chemoradioterapii u pacientů s lokálně pokročilým karcinomem konečníku
NR9484, projekt VaV
Název: Určení nových genetických změn v nádorovém genomu nemocných s chronickou B lymfocytární leukémií (B-CLL) metodou array komparativní genomové hybridizace