TRITON 4 : software for ligand-binding protein engineering

PROKOP, Martin, Jan ADAM, Zdeněk KŘÍŽ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. TRITON 4 : software for ligand-binding protein engineering. 2009.

Základní údaje

• Originální název: TRITON 4 : software for ligand-binding protein engineering
• Název česky: TRITON 4 : program pro in silico inženýrství ligandy-vázajicich proteinů
• Autoři: PROKOP, Martin (203 Česká republika, garant), Jan ADAM (203 Česká republika), Zdeněk KŘÍŽ (203 Česká republika), Michaela WIMMEROVÁ (203 Česká republika) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika).
• Vydání: 2009.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Software
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: Website of the software TRITON
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/09:00029247
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• Klíčová slova česky: grafický software; design proteinů; protein-ligand dokování
• Klíčová slova anglicky: graphical software; protein engineering; protein-ligand docking
• Technické parametry: software pro proteinove inzenyrstvi
• Štítky: graphical software, Protein engineering, protein-ligand docking
• Příznaky: Mezinárodní význam

Anotace

The program TRITON 4 is a graphical tool for computer-aided protein engineering. It implements methodology of computational site-directed mutagenesis to design new protein mutants with required properties. It uses the external program MODELLER to model structures of new protein mutants based on the wild-type structure by homology modelling method. Ligand binding properties of the mutants can be studied by docking methodology using the external program AutoDock. Ligand binding modes and affinities of individual protein mutants are obtained as a result. Binding properties can also be analyzed by visualization of affinity maps or by calculation of electrostatic potential between ligand and individual residues of binding site. The program TRITON 4 offers graphical tools for preparation of the input files and for visualization of output data. The program uses projects to organize computational data. The program TRITON 4 is available for Linux operating system.Executable files are available free of charge for academic users.

Anotace česky

Program TRITON 4 je graficky orientovaný software pro počítačový design proteinů. Implementovaná metodika počítačové místně-cílené mutageneze umožňuje navrhnout mutanty proteinů s požadovanými vlastnostmi. Pro modelování struktur mutantů je používána metoda homologního modelování prostřednictvím externího programu MODELLER. Schopnost modelovaných mutantů vázat ligandy je studována metodou molekulárního dokingu ve spolupráci s externím programem AutoDock. To umožňuje získat vazebné mody ligandu a vazebné energie. Vazebné vlastnosti mohou být také analyzovány prostřednictvím afinitních map nebo elektrostatické interakce mezi ligandem a jednotlivými residui ve vazebném centru. Program TRITON 4 poskytuje grafické nástroje pro přípravu vstupních souborů a vizualizaci výstupních dat. Program umožňuje organizovat výpočetní data prostřednictvím projektů. Program TRITON 4 je dostupný pro operční systém Linux. Program je k dispozici zdarma pro akademické uživatele.

Návaznosti

• GA303/09/1168, projekt VaV: Název: Lektiny z lidských patogenů - struktura, funkce, inženýrství

Investor: Grantová agentura ČR, Lektidy z lidských patogenů - struktura, funkce, inženýrství

• LC06030, projekt VaV: Název: Biomolekulární centrum

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím