2009
Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA, Michal KOZUBEK et. al.Základní údaje
Originální název
Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
Název česky
Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
Autoři
MATULA, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí), Ondřej DANĚK (203 Česká republika, domácí), Petr MATULA (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Boston, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, od s. 1138-1141, 4 s. 2009
Nakladatel
IEEE
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
20206 Computer hardware and architecture
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
elektronická verze "online"
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14330/09:00035583
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-1-4244-3932-4
ISSN
UT WoS
000270678400290
Klíčová slova česky
volný software; fluorescenční mikroskopie; pořizování obrazu; 3D obrazová analýza; obrazová cytometrie
Klíčová slova anglicky
free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 13. 12. 2015 02:07, doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
V originále
This paper describes free software (called Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) for carrying out the common pipeline of many spatial cell studies using fluorescence microscopy. It addresses image capture, raw image correction, image segmentation, the quantification and spatial arrangement of segmented objects, volume rendering, and statistical evaluation. The software is designed for the easy processing of a collection of many 3D images. It can be used for the analysis of a collection of 2D images or time lapse series of 2D or 3D images as well. It has a modular design and is extensible via plug-ins. The paper gives an overview of the software and its key design ideas.
Česky
Článek popisuje volný software (nazývaný Acquiarium, http://cbia.fi.muni.cz/acquiarium.html) k provádění sledu kroků, který se objevuje v mnoha studiích buněk pomocí fluorescenční mikroskopie. Software pojímá zachycení obrazu, korekci surových dat, segmentaci obrazu, kvantifikaci a prostorová měření segmentovaných objektů, objemové vizualizace, a statistické vyhodnocení. Software je navržen pro snadné zpracování kolekce mnoha 3D obrazů. Může však být použitý i pro analýzu kolekce 2D obrazu nebo časové série 2D nebo 3D obrazů. Má modulární návrh a je rozšiřitelný pomocí zásuvných modulů. Článek podává základní přehled o softwarů a jeho klíčových myšlenkách.
Návaznosti
| 2B06052, projekt VaV |
|